AREM จะขึ้นอยู่กับแม็ค (รุ่นที่ใช้วิเคราะห์ข้อมูลชิปลำดับ)
ลำดับสูงผ่านคู่กับโครมาติฝน immuno- (Chip-ลำดับ) ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในลักษณะกว้างจีโนมของรูปแบบที่มีผลผูกพันของปัจจัยการถอดความปัจจัยปรับเปลี่ยนโครมาติและโปรตีนที่มีผลผูกพันดีเอ็นเออื่น ๆ ขั้นตอนสำคัญในการวิเคราะห์ข้อมูลชิปลำดับคือการ map สั้นอ่านจากลำดับสูงผ่านการอ้างอิงจีโนมและระบุภูมิภาคที่อุดมไปด้วยยอดเขาสั้นอ่าน
แม้ว่าวิธีการต่างๆได้รับการเสนอสำหรับการวิเคราะห์ชิปลำดับวิธีการ isting อดีตส่วนใหญ่จะพิจารณาอ่านที่สามารถวางที่ไม่ซ้ำกันในจีโนมการอ้างอิงและดังนั้นจึงมีพลังงานต่ำสำหรับการตรวจสอบยอด lo- cated ภายในวนเวียนซ้ำ ที่นี่เราแนะนำ proach ชั่นน่าจะเป็นในการวิเคราะห์ข้อมูลชิปลำดับซึ่งใช้อ่านทั้งหมดให้มุมมองอย่างแท้จริงจีโนมทั้งรูปแบบที่มีผลผูกพัน
อ่านเป็นรูปแบบโดยใช้รูปแบบที่สอดคล้องกับส่วนผสม K ภูมิภาคอุดมและพื้นหลังจีโนม null เราใช้โอกาสสูงสุดที่จะประเมินสถานที่ของภูมิภาคที่อุดมด้วยและดำเนินการความคาดหวัง-สูงสุด (EM) gorithm อัเรียก AREM การปรับปรุงความน่าจะเป็นการจัดตำแหน่งของแต่ละคนอ่านไปยังสถานที่ที่แตกต่างกันของจีโนม
สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมโปรดดูที่กระดาษของเราใน RECOMB 2011 หรือเยี่ยมชมเว็บไซต์ของเรา: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
AREM จะขึ้นอยู่กับโทรสูงสุด MACS นิยมตามที่อธิบายไว้ด้านล่าง:
มีการปรับปรุงเทคนิคลำดับที่ immunoprecipitation โครมาตามลำดับอัตราความเร็วสูง (Chip-ลำดับ) จะได้รับความนิยมในการศึกษาโปรตีนดีเอ็นเอจีโนมทั้ง เพื่อรับมือกับการขาดวิธีการวิเคราะห์ลำดับชิปที่มีประสิทธิภาพเรานำเสนอขั้นตอนวิธีนวนิยายชื่อวิเคราะห์รุ่นที่ใช้ชิปลำดับ (แม็ค) สำหรับการระบุปัจจัยที่มีผลผูกพันหลักฐานเว็บไซต์
MACS จับอิทธิพลของความซับซ้อนของจีโนมในการประเมินความสำคัญของภูมิภาคอุดมชิปและ MACS ช่วยเพิ่มความละเอียดเชิงพื้นที่ของเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันผ่านการรวมข้อมูลของทั้งสองตำแหน่งแท็กลำดับและการวางแนว . MACS สามารถใช้งานได้ง่ายสำหรับข้อมูลชิป-Seq คนเดียวหรือกับตัวอย่างควบคุมที่มีการเพิ่มขึ้นของความจำเพาะ
ต้องการ
- งูใหญ่
ความคิดเห็นที่ไม่พบ