เบอร์โรวส์-Wheeler Aligner (BWA) เป็นโปรแกรมที่มีประสิทธิภาพที่สอดคล้องค่อนข้างลำดับเบสสั้นกับลำดับการอ้างอิงยาวเช่นจีโนมมนุษย์
ซอฟแวร์การดำเนินการสองขั้นตอนวิธี BWA สั้นและ BWA-SW ผลงานในอดีตสำหรับการค้นหาลำดับที่สั้นกว่า 200bp และหลังสำหรับลำดับอีกต่อไปถึงรอบ 100kbp
ขั้นตอนวิธีการทั้งสองจะจัดตำแหน่ง gapped พวกเขามักจะมีความถูกต้องมากขึ้นและเร็วขึ้นในคำสั่งที่มีอัตราความผิดพลาดต่ำ กรุณาดูที่หน้า BWA คู่มือสำหรับข้อมูลเพิ่มเติม
ไม่ BWA จัด 454 อ่าน?
& nbsp; ใช่และไม่ องค์ประกอบ BWA-SW ของ BWA ทำงานได้ดีบน 454 อ่านเกี่ยวกับ 200bp หรือนานกว่านั้น มันประสบความสำเร็จในความถูกต้องจัดตำแหน่งคล้ายกับ SSAHA2 ในขณะที่เร็วขึ้นมาก BWA-SW ยังสามารถใช้ได้กับอ่านสั้น แต่ความไวต่ำ นอกจากนี้ BWA-SW ไม่สนับสนุนการจัดตำแหน่งที่จับคู่สิ้น
อะไรคือความยาวลำดับแบบสอบถามสูงสุดในการจัดตำแหน่ง?
& nbsp; ก็จะแนะนำให้ใช้เฉพาะ BWA-สั้น ๆ เกี่ยวกับการอ่านสั้นกว่า 200bp แม้ว่าผลงาน BWA สั้นได้ถึงแบบสอบถาม KBP ไม่กี่ในหลักการประสิทธิภาพการทำงานของมันจะสลายตัว นานอ่าน BWA-SW จะดีกว่า
& nbsp; องค์ประกอบ BWA-SW สามารถจัดลำดับ BAC (ประมาณ 150kbp) กับจีโนมมนุษย์ ความเร็วในแง่ของฐานชิดต่อหน่วยเวลาที่เทียบได้กับความเร็วของการจัดตำแหน่ง 1kbp อ่าน ในหลักการ BWA-SW ควรจะสามารถจัดลำดับการสอบถาม Mbp ไม่กี่ที่ความเร็วที่คล้ายกัน แต่ฉันไม่ได้พยายาม
ความอดทนของข้อผิดพลาดลำดับคืออะไร?
& nbsp; Bwa สั้นได้รับการออกแบบเป็นหลักสำหรับอัตราความผิดพลาดลำดับต่ำกว่า 2% แม้ว่าผู้ใช้สามารถขอให้ทนต่อข้อผิดพลาดขึ้นโดยการปรับตัวเลือกบรรทัดคำสั่งผลการดำเนินงานจะลดลงอย่างรวดเร็ว โปรดทราบว่าสำหรับ Illumina อ่าน BWA สั้นอาจเลือกตัดฐานคุณภาพต่ำจาก 3'สิ้นก่อนที่การจัดตำแหน่งและดังนั้นจึงสามารถที่จะจัดเพิ่มเติมอ่านที่มีอัตราความผิดพลาดสูงในหางซึ่งเป็นปกติข้อมูล Illumina
& nbsp; BWA-SW ทนข้อผิดพลาดขึ้นได้รับการจัดตำแหน่งอีกต่อไป การจำลองแสดงให้เห็นว่า BWA-SW อาจทำงานให้ดีข้อผิดพลาด 2% สำหรับการจัดตำแหน่ง 100BP ข้อผิดพลาด 3% 200bp, 5% สำหรับ 500BP และ 10% สำหรับ 1000bp หรือการจัดตำแหน่งอีกต่อไป
ไม่ BWA หาลูกผสมอ่าน?
& nbsp; ใช่ส่วนประกอบ BWA-SW สามารถที่จะหาสิ่งที่ฝัน BWA มักจะรายงานการจัดตำแหน่งหนึ่งสำหรับแต่ละอ่าน แต่อาจเอาท์พุทสองหรือจัดแนวมากขึ้นถ้าอ่าน / contig เป็นความฝัน
ไม่ SNPs โทร BWA เช่น MAQ?
& nbsp; ไม่มี BWA เพียง แต่การจัดตำแหน่ง อย่างไรก็ตามมันจะออกผลลัพธ์การจัดแนวในรูปแบบ SAM ซึ่งสนับสนุนโดยสายที่ SNP หลายทั่วไปเช่น samtools และ GATK
ผมเห็นหนึ่งอ่านในคู่มีการทำแผนที่ที่มีคุณภาพสูง แต่อ่านอื่น ๆ ที่มีศูนย์ สิทธินี้คืออะไร?
& nbsp; นี้ถูกต้อง ที่มีคุณภาพการแมปที่ได้รับมอบหมายสำหรับการอ่านของแต่ละคนไม่ได้สำหรับคู่อ่าน มันเป็นไปได้ที่หนึ่งอ่านสามารถแมปอย่างไม่น่าสงสัย แต่คู่ของมันตกอยู่ในความซ้ำ tandom และทำให้ตำแหน่งที่ถูกต้องของมันไม่สามารถกำหนด
ผมเห็นอ่านยืนออกในตอนท้ายของโครโมโซมและมีค่าสถานะเป็น unmapped (ธง 0x4) ที่เกิดขึ้นที่นี่คืออะไร?
& nbsp; ภายใน BWA เชื่อมลำดับการอ้างอิงทั้งหมดเป็นหนึ่งในลำดับนาน อ่านอาจจะแมปไปยังชุมทางสองลำดับการอ้างอิงที่อยู่ติดกัน ในกรณีนี้จะ BWA ธงอ่านเป็น unmapped แต่คุณจะเห็นตำแหน่งซิการ์และแท็กทั้งหมด ทางออกที่ดีกว่าที่จะเลือกทางเลือกที่ตำแหน่งหรือตัดออกจากการจัดตำแหน่งปลาย แต่นี้ค่อนข้างซับซ้อนในการเขียนโปรแกรมและไม่ได้ดำเนินการในขณะนี้
ทำงาน BWA ในลำดับการอ้างอิงนานกว่า 4GB รวม
& nbsp; ไม่มีนี้เป็นไปไม่ได้และจะไม่ได้รับการสนับสนุนในอนาคตอันใกล้เนื่องจากความซับซ้อนทางเทคนิคที่เกี่ยวข้อง
คหบดี
ช่วงท้ายของอาร์เรย์สตริงว่างควร [0, n-1] ที่ n คือความยาวของสตริงฐานข้อมูลไม่ได้ [1, n-1] ตามที่ระบุไว้ในหลี่และเดอร์บิน (2009 และ 2010) ตามลําดับที่เราจำเป็นต้องกำหนด O (-1) = 0 และแก้ไข pseudocode ในรูปที่ 3 จากหลี่และเดอร์บิน (2009) การดำเนิน BWA เป็นจริงที่ถูกต้อง ความผิดพลาดที่เกิดขึ้นกับกระดาษ เราต้องขออภัยในความสับสนและขอบคุณนิลส์โฮเมอร์และอาเบลแอนโตนิโอซากศพ Collado สำหรับชี้นี้
มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.
- แก้ไขปัญหา:. ซ้ำฮิตทางเลือกในแท็ก XA
- แก้ไขปัญหา: การตัดแต่งเมื่อเปิดใช้งานจดจ้อง BWA-ALN 1BP น้อย .
- ผู้พิการการจัดเรียงสีพื้นที่ 0.6.x ไม่ได้ทำงานกับของแข็งอ่านในปัจจุบัน.
- แก้ไขปัญหา:. segfault เนื่องจากฐานที่คลุมเครือมากเกินไป
- แก้ไขปัญหา:. ตำแหน่งคู่ไม่ถูกต้องในโหมด SE
- แก้ไขปัญหา: segfault ที่หายากในโหมด PE
- เมื่อแมโคร _NO_SSE2 มีการใช้งานถอยกลับไปยังมาตรฐานสมิ ธ ฝีพาย
- แทน SSE2-SW.
- แยกเครื่องหมายเลือกฮิตที่มีคะแนนต่ำกว่าการจัดตำแหน่งเป็นรอง.
- แก้ไขปัญหา:. วง จำกัด ที่เกิดจากฐานคลุมเครือ
- เอาท์พุทเลือกลำดับแบบสอบถาม.
ความคิดเห็นที่ไม่พบ