CodonW เป็นโปรแกรมที่ออกแบบมาเพื่อลดความซับซ้อนของการวิเคราะห์หลายตัวแปร (การวิเคราะห์การติดต่อ) ของ codon และการใช้กรดอะมิโน นอกจากนี้ยังคำนวณดัชนีมาตรฐานของการใช้งาน codon มันมีทั้งเมนูและอินเตอร์เฟซบรรทัดคำสั่ง
โครงการ CodonW ถูกเขียนขึ้นโดยจอห์นพีเดนในห้องปฏิบัติการของพอลคมแผนกพันธุศาสตร์มหาวิทยาลัยนอตติงแฮม จอห์นเป็นคนที่ทำงานในพันธุศาสตร์ของมนุษย์และเป็นลูกจ้างในปัจจุบันเป็นผู้จัดการฐานข้อมูล ProCardis ที่ WTCHG ในมหาวิทยาลัยฟอร์ด
ที่นี่มีคุณสมบัติที่สำคัญของ "CodonW" เป็น:
·เขียนใน ANSI C ตาม
·เมนูขับเคลื่อน
·เลขที่กว้างขวางของตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง
·รหัสทางพันธุกรรมที่เป็นอิสระ
·ไม่ จำกัด
1. จำนวนของลำดับ
ระยะเวลาในลำดับที่ 2
·คำนวณดัชนีการใช้งาน codon
1. บทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนดัชนีปรับตัว Codon
2. FOP: ความถี่ในการ codons ที่ดีที่สุด
3. Nc: จำนวนที่มีประสิทธิภาพของ codons
4. CBI: Codon ดัชนีอคติ
·คำนวณดัชนีกรดอะมิโน
1. คะแนนน้ำเกรวี่
2. Aromaticity
·การวิเคราะห์คำนวณจดหมายของ
1. Codon การใช้งาน
2. RSCU (การใช้ codon ตรงกันสัมพัทธ์)
3. กรดอะมิโนที่ใช้งาน
·การวิเคราะห์สารบรรณ
1. สามารถรวม / ไม่รวม codons / กรดอะมิโน
2. สามารถสร้างรายงานที่มีรายละเอียดของแนวโน้ม
3. ความพยายามที่จะระบุ codons ที่เหมาะสมโดยอัตโนมัติ
4. สามารถให้ข้อมูลเพิ่มเติมชุดที่จะเพิ่ม
5. บันทึกจำนวนของแนวโน้มใด ๆ
·คำนวณค่าพารามิเตอร์ของยีน
1. ระยะเวลาในยีน
2. GC, GC3s และตำแหน่ง codon เฉพาะ G + C
3. องค์ประกอบ dinucleotide (ในทั้งสามเฟรม codon)
4. การใช้กรดอะมิโน
5. การใช้กรดอะมิโนญาติ
6. การใช้งาน Codon
7. การใช้งาน codon ตรงกันญาติ
·สามารถแปลแนวคิดลำดับโปรตีน
·ข้อมูลลำดับฟอร์แมต
·มนุษย์หรือการส่งออกเครื่องอ่าน
·สามารถเชื่อมยีน (ในขณะที่การรักษากรอบการอ่าน) ในการคำนวณ
1. การใช้งานโดยรวม codon
2. เนื้อหา GC
3. องค์ประกอบ dinucleotide
·สร้างตาราง codon กรดอะมิโนหรือการใช้งาน RSCU
·ยังสามารถช่วยให้คุณเรียนรู้รหัสพันธุกรรม
·และอื่น ๆ
ความคิดเห็นที่ไม่พบ