Jmol

ภาพหน้าจอของซอฟแวร์:
Jmol
รายละเอียดซอฟแวร์:
รุ่น: 14.29.14 การปรับปรุง
วันที่อัพโหลด: 22 Jun 18
ผู้พัฒนา: Egon Willighagen and Michael Howard
การอนุญาต: ฟรี
ความนิยม: 93
ดาวน์โหลด

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Jmol เป็นซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สข้ามแพลตฟอร์มและซอฟต์แวร์กราฟิกฟรีที่ออกแบบมาเพื่อทำหน้าที่เป็นตัวแสดงระดับโมเลกุลสำหรับโครงสร้างทางเคมี 3D ทำงานในโหมดสแตนด์อโลนสี่แบบเป็นเว็บแอปพลิเคชัน HTML5 โปรแกรม Java แอพเพล็ต Java และส่วนประกอบด้านเซิร์ฟเวอร์แบบหัวกระสุน


Feaures ได้อย่างรวดเร็ว

คุณลักษณะสำคัญ ๆ ได้แก่ การสนับสนุนการแสดงภาพ 3 มิติที่มีประสิทธิภาพสูงโดยไม่ต้องใช้ฮาร์ดแวร์ระดับไฮเอนด์ใด ๆ ส่งออกไฟล์ไปยังรูปแบบ JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ และ POV-Ray รองรับหน่วยพื้นฐานเซลล์ RasMol และ Chime ภาษาสคริปต์รวมทั้งไลบรารี JavaScript

นอกจากนี้ซอฟต์แวร์ยังรองรับภาพเคลื่อนไหวพื้นผิวการสั่นสะเทือน orbitals การวัดการสมมาตรและการดำเนินการของเซลล์หน่วยและรูปทรงของแผนผัง


รูปแบบไฟล์ที่สนับสนุน

ขณะนี้แอปพลิเคชันสนับสนุนรูปแบบไฟล์ที่หลากหลายซึ่งในส่วนนี้เราสามารถพูดถึง MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO และ MOPAC

นอกจากนี้ยังได้รับการสนับสนุน CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMo, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR และ JME .

รองรับเว็บเบราเซอร์ที่สำคัญทั้งหมด

ซอฟต์แวร์ได้รับการทดสอบเรียบร้อยแล้วกับเว็บเบราเซอร์หลัก ๆ รวมทั้ง Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera และ Safari แอปพลิเคชันเบราว์เซอร์ดังกล่าวได้รับการทดสอบในระบบปฏิบัติการหลักทั้งหมดแล้ว (ดูส่วนถัดไปเพื่อสนับสนุน OSes)


สนับสนุนระบบปฏิบัติการหลักทั้งหมด

การเขียนในภาษาการเขียนโปรแกรม Java Jmol เป็นแอ็พพลิเคชันที่ไม่ขึ้นกับแพลตฟอร์มที่ออกแบบมาเพื่อสนับสนุนการกระจาย GNU / Linux ระบบปฏิบัติการ Microsoft Windows และ Mac OS X และระบบปฏิบัติการอื่น ๆ ที่มีการติดตั้ง Java Runtime Environment

มีอะไรใหม่ ในรุ่นนี้:

  • การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]

    • มีอะไรใหม่ ในรุ่น:

    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]

      • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.20.3: แก้ไขข้อบกพร่องของ Jmol SMILES: ค้นหาโค้ด - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]

      มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.6.5:

      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]

      • แก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการแทรก - ค้นหาโค้ด - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]

        • มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.04.22:

        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
        • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
        • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

          • มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.04.14:

          • แก้ไขข้อบกพร่อง: อะตอมของชุดคำอธิบายประกอบ ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
          • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
          • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

            • มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.03.31:

            • แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
            • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
            • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

            มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.3 Build 2016.03.02:

            • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้ปรับสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
            • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
            • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

              • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.3 Build 2016.02.28:

              • แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
              • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
              • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.2 Build 2016.02.05:

                • แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
                • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
                • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                  • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.0 Build 2015.12.02:

                  • แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
                  • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
                  • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                    • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.15:

                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้ปรับค่าสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
                    • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
                    • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                      • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.13:

                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้รับการปรับเพื่อเพิ่ม ไฮโดรเจน
                      • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
                      • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                        • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.12:

                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้รับการปรับเพื่อเพิ่ม ไฮโดรเจน
                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
                        • แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18

                          • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.8 Beta:

                          • คุณลักษณะใหม่ - ตั้งค่า cartoonRibose:
                          • ดึงมาจากวงแหวนที่มีริ้วรอย
                          • เชื่อมต่อผ่าน C4'-C5'-O5'-P อย่างชัดเจน
                          • แสดง C3'-O3 'สำหรับการอ้างอิง
                          • ปิดใช้งาน cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
                          • ปิดใช้งานโดย SET cartoonBaseEdges ON
                          • แนะนำโดย Rick Spinney รัฐโอไฮโอ
                          • คุณลักษณะใหม่: กรอบเคลื่อนไหว [a, b, c, d] ทำงานร่วมกับตัวเลขเชิงลบเพื่อระบุช่วง:
                          • กรอบภาพเคลื่อนไหว [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
                          • อ่านว่า "1 ถึง 5 แล้ว 10 ถึง 6"
                          • คุณลักษณะใหม่: โปรแกรมอ่านไฟล์ Tinker (และการอัปเกรดผู้อ่าน FoldingXYZ):
                          • สามารถใช้ Tinker :: ได้ แต่ต้องใช้เฉพาะเมื่อบรรทัดแรกมีเพียง atomCount
                          • รองรับรูปแบบ Tinker เก่า ๆ ที่มีอะตอม n-1 สำหรับ atomCount
                          • ช่วยให้มี trajectories และหมายเลขรุ่นที่ต้องการ
                          • คุณลักษณะใหม่: กรอบภาพเคลื่อนไหว (จริง 13.1 แต่ไม่มีเอกสาร) [51 50 49 48 47 46 45 (ฯลฯ ) 27 1 2 3 4 5 6 7 (ฯลฯ ) .... ]
                          • คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
                          • คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; ทั้งหมด & quot;)
                          • คุณลักษณะใหม่: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot; & quot; ดีที่สุด & quot;)

                          • คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
                          • คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
                          • คุณลักษณะใหม่ - x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
                          • สร้างรายการความสัมพันธ์หนึ่งหรือหลายรายการขึ้นอยู่กับ SMILES ที่ไม่เป็นอันตราย
                          • เลือกอะตอมฮาร์ต
                          • สร้างการแมปอะตอมที่เป็นไปได้ทั้งหมดได้
                          • ส่งกลับค่า int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ... ]
                          • ที่ใดและ bn คือดัชนีหรือรายการของอะตอมที่เป็นจำนวนเต็มเมื่อ & quot; ทั้งหมด & quot; ตัวเลือกถูกเลือกไว้
                          • ข้อมูลต่อไปนี้จะสร้างแผนที่ความสัมพันธ์อะตอมหนึ่งสำหรับโครงสร้างสองโครงสร้าง ได้แก่ อะตอมไฮโดรเจน: โหลดไฟล์ & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = เปรียบเทียบ ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; H & quot;)
                          • ต่อไปนี้เปรียบเทียบรูปแบบของคาเฟอีนจาก NCI กับ PubChem:
                          • โหลดคาเฟอีน $ โหลดส่วนท้าย: คาเฟอีน * เฟรม
                          • เลือก 2.1; label% [atomIndex]
                          • เปรียบเทียบ {1.1} {2.1} SMILES หมุนเวียนแปล
                          • x = compare ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; bestH & quot;)
                          • สำหรับ (a ใน x) {a1 = a [1]; a2 = a [2] เลือก atomindex = a1; label @ a2}
                          • คุณลักษณะใหม่: เปรียบเทียบ {model1} {model2} SMILES:

                          • ไม่จำเป็นต้องให้ SMILES; Jmol สามารถสร้างได้จาก {model1}
                          • คุณลักษณะใหม่: x = {*} ค้นหา (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
                          • สร้าง SMILES ที่มีอะตอม H อย่างชัดเจน
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: โครงสร้างย่อย () ใช้ SMILES แทน SMARTS ดังนั้นโครงสร้างแบบเต็มเท่านั้น
                          • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การดักจับข้อผิดพลาดที่ดีขึ้นและข้อความในวิธีการที่เกี่ยวข้องกับ SMILES
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: ทำให้การค้นพบเส้นทางเว็บไปยัง Jmol.jar และ jsmol.zip ทำได้ดีขึ้น
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: getProperty extractModel ไม่เคารพเซตย่อย
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: ตั้งค่า pdbGetHeader TRUE ไม่สามารถจับภาพ REMARK3 REMARK290 REMARK350
                          • การแก้ไขข้อบกพร่อง: getProperty (& quot; JSON & quot;, .... ) ควรตัดค่าใน {value: ... }
                          • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ความโปร่งแสงแบบถาวรของ MO ที่หักใน 11.x
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: แสดงเมนู MENU เขียน MENU โหลด MENU ทั้งหมดเสียใน 12.2
                          • แก้ไขข้อบกพร่อง: {*} [n] ควรว่างเปล่าหาก nAtoms

                            • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.7:

                            • การแก้ไขข้อบกพร่อง: 14.0.6 fatally bugged - unitcell และ echo rendering, getProperty

                              • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.5:

                              • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ความโปร่งแสงของ LCAOCartoon หัก
                              • การแก้ไขข้อบกพร่อง: กระดูกสันหลังโปร่งแสงหัก
                              • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ผู้อ่าน pqr, p2n เสีย
                              • การแก้ไขข้อผิดพลาด: คุณสมบัติแผนที่ isosurface xxx อาจล้มเหลวหากพื้นผิวเป็นส่วนที่ (อย่างใด) มีจุดที่ไม่เกี่ยวข้องกับอะตอมที่อยู่ภายใต้

                                • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.5 Beta:

                                • แก้ไขข้อบกพร่อง: LCAOCartoon translucency broken
                                • แก้ไขข้อบกพร่อง: กระดูกสันหลังโปร่งแสงหัก
                                • แก้ไขข้อบกพร่อง: pqr, p2n readers broken
                                • การแก้ไขข้อบกพร่อง: คุณสมบัติแผนที่ isosurface xxx สามารถล้มเหลวได้หากพื้นผิวเป็นส่วนที่ (อย่างใด) มีจุดที่ไม่เกี่ยวข้องกับอะตอมที่อยู่ภายใต้

                                  • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.4:

                                  • แก้ไขข้อบกพร่อง: จรวดหัก
                                  • การแก้ไขข้อบกพร่อง: PDB byChain, bySymop ไม่ได้รับการสนับสนุน

                                    • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.2:

                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การมอดูเลชั่นไม่แยกความแตกต่างระหว่าง q และ t;
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การวัดแบบปรับเปลี่ยนไม่ทำงาน
                                    • แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ข้ามค่าปริยาย default default & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface แผนที่วงโคจรของอะตอมล้มเหลว
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การแสดงการสั่นของการมอดูเลตที่มีระยะทางไม่อัปเดต
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การสั่นสะเทือนทำให้เกิดคำเตือนที่ไม่จำเป็นในคอนโซล
                                    • แก้ไขข้อบกพร่อง: วาด symop หัก
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: array.mul (matrix3f) ล่ม Jmol
                                    • แก้ไขข้อบกพร่อง: เลือก symop = 1555 เสีย
                                    • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การเลือกชุดลากเลือกไม่ทำงาน
                                    • รหัส: refactored CifReader, แยกออกจาก MMCifReader และรหัส MSCifReader: การเปลี่ยนชื่อ / การจัดโครงสร้างใหม่ของวิธีการใน SV
                                    • รหัส: เพิ่มส่วนติดต่อ javajs.api.JSONEncodable
                                    • การใช้งานที่ง่ายสุดใน org.jmol.script.SV
                                    • อนุญาตให้ใช้ javajs เพื่อนำเสนอผลการค้นหา JSON ที่กำหนดเอง

                                      • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.2 Beta:

                                      • คุณลักษณะใหม่: JavaScript: Jsmol api Jmol.evaluateVar (applet, expression):
                                      • ดีกว่า Jmol.evaluate เนื่องจากผลลัพธ์เป็นตัวแปร JavaScript ไม่ใช่สตริง
                                      • ไม่ยอมรับ Jsmol api Jmol.evaluate (แอพเพล็ตนิพจน์)
                                      • คุณลักษณะใหม่: getProperty (& quot; JSON & quot ;, .... ):
                                      • ส่งคืนรหัส JSON สำหรับพร็อพเพอร์ตี้
                                      • อนุญาตให้ใช้ JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot; & quot; นิพจน์บางส่วน & quot;)
                                      • คุณลักษณะใหม่: getProperty variableInfo:
                                      • อนุญาตการเรียกค้นตัวแปรในรูปแบบ Java หรือ JSON
                                      • ประเมินการแสดงออก
                                      • ค่าเริ่มต้นเป็น & quot; ทั้งหมด & quot;
                                      • คุณลักษณะใหม่: ปรับความถี่ได้โดย q และ t ถึง d = 3:
                                      • การปรับ / ปิด (อะตอมทั้งหมด)
                                      • moduation {atom set} เปิด / ปิด
                                      • modulation int q-offset
                                      • การปรับค่า x.x t-offset
                                      • การมอดูเลต {t1 t2 t3}
                                      • การปรับ {q1 q2 q3} TRUE
                                      • คุณลักษณะใหม่: selectedList:
                                      • สั่งอาร์เรย์ของอะตอมที่เลือกเมื่อเร็ว ๆ นี้
                                      • สามารถใช้ได้เช่นเดียวกับตัวแปร PICKED แต่จะเรียงตามลำดับไม่ใช่ชั่วคราว
                                      • การดับเบิลคลิกที่โครงสร้างจะล้างรายการ
                                      • @ {pickedList} [0] อะลูมิเนียมที่หยิบล่าสุด
                                      • @ {pickedList} [- 1] อะตอมต่อไปครั้งสุดท้ายที่หยิบ

                                      • @ {pickedList} [- 1] [0] สองอะตอมที่หยิบขึ้นมาล่าสุด
                                      • คุณลักษณะใหม่: array.pop (), array.push () - คล้ายกับ JavaScript
                                      • คุณลักษณะใหม่: การปรับอัตราส่วน x.x
                                      • คุณลักษณะใหม่: คำอธิบายภาพ & quot; xxxxx & quot; x.x - จำนวนวินาทีที่จะเรียกใช้
                                      • คุณลักษณะใหม่: modulation 0.2 // ตั้งค่า t-value
                                      • คุณลักษณะใหม่: array.pop (), array.push (x)
                                      • a = []; a.push (& quot; testing & quot;) พิมพ์ a.pop ()
                                      • คุณลักษณะใหม่: เลือกเปิด / ปิดชุดอะตอม:
                                      • เปิดหรือปิดกล้องการเลือกเช่นเดียวกับการเลือก
                                      • สะดวก
                                        • เท่านั้น
                                      • คุณลักษณะใหม่: pt1.mul3 (pt2):
                                      • ส่งกลับค่า {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
                                      • ถ้าทั้งสองไม่ใช่จุดให้กลับไปเป็นคูณแบบง่าย
                                      • reature ใหม่: array.mul3 (pt2) - ใช้ mul3 กับองค์ประกอบทั้งหมดของอาร์เรย์
                                      • คุณลักษณะใหม่: {atomset} .modulation (type, t):
                                      • มอบ P3 (การมอดูเลตการเคลื่อนย้าย)
                                      • ใช้งานได้เฉพาะกับ type = & quot; D & quot; (อุปกรณ์เสริม)
                                      • ไม่จำเป็น t คือ 0 โดยค่าเริ่มต้น
                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การปรับไม่แยกระหว่าง q และ t;
                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การวัดแบบปรับเปลี่ยนไม่ทำงาน
                                      • แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ข้ามค่าปริยาย default default & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface แผนที่วงโคจรของอะตอมล้มเหลว

                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การแสดงการสั่นของการมอดูเลตที่มีระยะทางไม่อัปเดต
                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การสั่นสะเทือนทำให้เกิดคำเตือนที่ไม่จำเป็นในคอนโซล
                                      • แก้ไขข้อบกพร่อง: วาด symop หัก
                                      • การแก้ไขข้อบกพร่อง: array.mul (matrix3f) ล่ม Jmol
                                      • แก้ไขข้อบกพร่อง: เลือก symop = แก้ไขข้อบกพร่องของ 1555: ตั้งค่าการเลือก dragSelected not working
                                      • รหัส: refactored CifReader แยกออกจาก MMCifReader และ MSCifReader
                                      • รหัส: การเปลี่ยนชื่อ / การจัดโครงสร้างใหม่ของวิธีการใน SV
                                      • รหัส: เพิ่มส่วนติดต่อ javajs.api.JSONEncodable:
                                      • การใช้งานที่ง่ายสุดใน org.jmol.script.SV
                                      • อนุญาตให้ใช้ javajs เพื่อนำเสนอผลการค้นหา JSON ที่กำหนดเอง

                                        • มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.1:

                                        • คุณลักษณะใหม่: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (ค่าเริ่มต้น 55)
                                        • คุณลักษณะใหม่: โหลด () เช่นเดียวกับในการพิมพ์ (& quot; xxx & quot;) การอ่านไฟล์ในเครื่องที่ จำกัด ในแอพเพล็ต:
                                        • ไม่มีไฟล์ไดเรกทอรีราก
                                        • ไม่มีไฟล์ที่ไม่มีส่วนขยาย
                                        • ไม่มีไฟล์ที่มี & quot; /.& quot; ในเส้นทาง
                                        • คุณลักษณะใหม่: ไฟล์ JAR ที่ลงชื่อเข้าใช้อย่างปลอดภัย
                                        • คุณลักษณะใหม่: ไฟล์ JAR ของแอพเพล็ตประกอบด้วย JNLPs (Java Network Launch Protocols) สำหรับการโหลดไฟล์ภายในเครื่อง
                                        • คุณลักษณะใหม่: ตัวเลือก URL ของ JSmol _USE = _JAR = _J2S = แทนที่ข้อมูลข้อมูล
                                        • คุณลักษณะใหม่: (มี แต่ไม่มีเอกสาร) print quaternion ([array of quaternions]) - ส่งกลับทรงกลมหมายถึง la Buss และ Fillmore
                                        • คุณลักษณะใหม่: พิมพ์ quaternion ([array of quaternions], true):
                                        • ให้ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานสำหรับรูปทรงกลมหมายถึง a la Buss และ Fillmore
                                        • หน่วยเป็นองศาเชิงมุม
                                        • คุณลักษณะใหม่ - ค่าโมดูลัสที่ชื่อว่าสี่เหลี่ยมผืนผ้า:
                                        • พิมพ์ quaternion (1,0,0,0)% & quot; เมตริกซ์ & quot;
                                        • ตัวเลือกรวมถึง w x y z ปกติ eulerzxz eulerzyz เวกเตอร์ theta แกน ax axich axisz แกนแกนเมทริกซ์
                                        • คุณลักษณะ ew - ตั้งค่า celShadingPower:
                                        • ตั้งค่าความเข้มของการแรเงา cel
                                        • ค่าจำนวนเต็ม
                                        • ค่าเริ่มต้น 10 เป็นเส้นหนา
                                        • 5 เป็นเส้นละเอียด
                                        • หมุน 0 องศาเซลเซียสปิด

                                        • ค่าลบลบการแรเงาภายใน - เค้าร่างเท่านั้น
                                        • ทำงานบนพิกเซลโดยอิงตามแหล่งกำเนิดแสงปกติ (power & gt; 0) หรือผู้ใช้ (power & lt; 0)
                                        • ตั้งค่าสีให้เป็นสีพื้นหลัง (สีดำหรือสีขาว) เมื่อ normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
                                        • คุณลักษณะใหม่: รายงานการอ่าน mmcIF _citation.title ในคอนโซลสคริปต์ Jmol
                                        • คุณลักษณะใหม่: ลด SELECT {atomset} ONLY - ตัวเลือกเดียวจะไม่รวมอะตอมอื่น ๆ
                                        • คุณลักษณะใหม่: ย่อเล็กสุด {atomset} - SELECT โดยไม่ได้ตั้งใจและเฉพาะ
                                        • คุณลักษณะใหม่ - & quot; ส่วนขยาย & quot; ไดเรกทอรีใน JSmol สำหรับการสนับสนุน JS และสคริปต์ SPT:
                                        • jsmol / js / ต่อ
                                        • jsmol / SPT / ต่อ
                                        • คุณลักษณะใหม่: โหลด ... ตัวกรอง & quot; ADDHYDROGENS & quot; - ตั้งค่า pdbAddHydrogens ภายในเครื่องเฉพาะสำหรับคำสั่ง load
                                        • คุณลักษณะใหม่: เปรียบเทียบ {1.1} {2.1} SMILS BONDS
                                        • คุณลักษณะใหม่: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot;)
                                        • คุณลักษณะใหม่: เขียน JSON xxx.json
                                        • คุณลักษณะใหม่: [# 210] ผู้อ่าน JSON {& quot; mol & quot;: ... }
                                        • คุณลักษณะ ew - ตั้งค่า particleRadius:
                                        • รัศมีทั่วโลกสำหรับอะตอมที่มีค่ารัศมีสูงสุด (16.0)
                                        • ค่าเริ่มต้นเป็น 20.0
                                        • คุณลักษณะใหม่ - ตัวกรอง CIF และ PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; และ & quot; BYSYMOP & quot; สำหรับอนุภาคไวรัส:
                                        • สร้างอะตอมหนึ่งอันต่อห่วงโซ่หรือต่อ symop
                                        • ขนาดสามารถปรับขนาดได้มากกว่า 16 แอ็คเซสโซมที่ใช้ตัวอย่างเช่น
                                        • ตั้งค่า particleRadius 30;
                                        • spacefill 30; // จำนวนที่เกิน 16 ที่นี่ใช้ particleRadius แทน
                                        • คุณลักษณะใหม่: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
                                        • คุณลักษณะใหม่: ฟังก์ชัน symop () ช่วยให้สามารถตรวจจับสมมาตรจากตัวกรองชีวโมเลกุลสำหรับ PDB และ mmCIF
                                        • คุณลักษณะใหม่ - isosurface SYMMETRY:
                                        • ใช้ตัวดำเนินการสมมาตรกับ isosurface
                                        • การแสดงผลและการสร้างที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น
                                        • การเลือกเริ่มต้นคือ {symop = 1} เท่านั้น
                                        • สีที่เป็นค่าเริ่มต้นคือสีโดย symop ตาม propertiesColorScheme
                                        • ตัวอย่างเช่น
                                        • โหลดตัวกรอง 1stp & quot; biomolecule 1 & quot;
                                        • พร็อพเพอร์ตี้คุณสมบัติสี
                                        • isosurface sa resolution 0.8 สมมาตร sasurface 0
                                        • คุณลักษณะใหม่ - คุณสมบัติ atom ใหม่: chainNo:
                                        • ตามลำดับจาก 1 สำหรับแต่ละรูปแบบ
                                        • chainNo == 0 หมายถึง & quot; ไม่มีโซ่ & quot; หรือโซ่ = ''
                                        • คุณลักษณะใหม่ - คุณสมบัติใหม่ColorScheme & quot; friendly & quot;:
                                        • เฉดสีที่เป็นมิตรกับคนตาบอด
                                        • ใช้ที่ RCSD
                                        • คุณลักษณะใหม่: JSpecView ปราศจาก Java; รวมการพิมพ์แบบ 2D nmr และ PDF ของสเปกตรัม
                                        • คุณลักษณะใหม่ - เขียน PDF & quot; xxx.pdf & quot; คุณภาพ & gt; โหมดแนวนอน 1 รายการ:
                                        • ใช้คลาสการสร้าง PDF ที่กำหนดเองที่มีประสิทธิภาพ
                                        • ปรับขนาดรูปภาพให้พอดีถ้าใหญ่เกินไป
                                        • คุณลักษณะใหม่: JSpecView เพิ่ม PDF และ 2D NMR สำหรับ JavaScript
                                        • คุณลักษณะใหม่: โหลด & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - โหลดส่วนประกอบของสารเคมีจาก PDB โดยใช้ "nonideal & quot; ชุดพิกัด
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: เขียนซีดีออก ChemDoodle ได้เปลี่ยนรูปแบบแล้ว ใช้ JSON แทน
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ไฟล์ PDB และ CIF ระบุส่วนประกอบเช่น PAU เป็นจำนวนลบ
                                          • ใหญ่
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: เปรียบเทียบกับการหมุนไม่มีการเริ่มลูปไม่มีที่สิ้นสุด
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ลูปปัญหาด้วยความล่าช้า (-1)
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การล้อเลื่อนเมาส์สำหรับ Chrome ใน JavaScript
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: JavaScript popup menu fix for language changes
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: องค์ประกอบหลักของ JavaScript ไม่ได้รับการประมวลผล ไม่รู้จัก
                                          • Jmol._debugCode
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การชดเชยหน่วยของหน่วย bioclelecules ไม่ถูกต้อง ต้นกำเนิดไม่ถูกต้องสำหรับแกน
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface / mo FRONTONLY broken
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: การแปลภาษาใน JavaScript
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่าน ADF ไม่อ่านข้อมูล MO จาก DIRAC Build 201304052106
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: Safari รายงานข้อมูล Jmol สีเหลืองแทนการขอให้ยอมรับแอพเพล็ต
                                        • - แท็กที่ต้องการ
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: โปรแกรมอ่าน CIF ไม่สามารถจัดการ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ได้อย่างถูกต้อง
                                        • - ตั้งค่าอะตอมผิดสำหรับการโหลด = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ปัญหาความเข้ากันได้กับปัญหา ChemDoodle # 558 ข้อผิดพลาด JSmol ในคำจำกัดความของ Number.toString ()
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ล้อเมาส์ทำงานไม่ถูกต้อง
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ข้อผิดพลาดของคอมไพเลอร์ JavaScript J2S ไม่บังคับใช้ int + = float to integer
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ตัวเลือก JavaScript WEBGL เสีย
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: JavaScript NMRCalculation ไม่เข้าถึงทรัพยากร
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: สเตอริโอ JavaScript ไม่ได้ใช้งาน
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: โปรแกรมอ่าน MOL fix สำหรับไฟล์แบบหลายรูปแบบ (เพียง 13.3.9_dev)
                                        • แก้ไขข้อผิดพลาด: ข้อผิดพลาดของผู้อ่าน MOL ที่มีโหลด APPEND - ไม่ดำเนินการเลขอะตอม
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่านสัญญาณ CIF ไม่อ่านชุดค่าผสมของเวกเตอร์คลื่นเซลล์
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: การอ่าน CIF ด้วยตัวกรอง & quot BIOMOLECULE 1 & quot; ล้มเหลวหากดำเนินการระบุตัวตน
                                          • เท่านั้น
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ผู้อ่าน mmCIF ไม่อ่านตัวเลือก _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ทั้งหมด
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: PDB CRYST รายการ 1.0 1.0 1.0 90 90 90 ควรหมายถึง & quot; ไม่มีเซลล์หน่วย & quot; ไม่คำนึงถึงตัวกรองชีวโมเลกุล
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: พื้นผิว isosurface ไม่เหมาะสำหรับโมเลกุลแบนเช่น HEM
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: การพิมพ์ userfunc () อาจล้มเหลว (userfunc () ด้วยตัวเองจะดี)
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ภายใน (เกลียว) ไม่ได้ใช้สำหรับโพลิเมอร์ C-alpha เท่านั้น
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: _modelTitle ไม่ได้รับการอัปเดตเมื่อโหลดไฟล์หรือ zapped ใหม่
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: {*} symop.all ไม่ให้ตัวดำเนินการสมมาตรอย่างเหมาะสม
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: สำหรับพันธบัตรสามรายการใน SMILES ใน URL
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: build.xml ไม่มีคลาสที่สร้าง PDF
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: อัปเดต Java ต่อไปให้เพิ่มการตรวจสอบเส้นทางที่ถูกต้องสำหรับแอพเพล็ตที่ลงนามภายใน
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: {xxx} .property_xx ไม่ได้รับการบันทึกไว้ในสถานะ (เสีย 8/7/2013 rev 18518)
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: มีการปรับปรุง Manifests สำหรับไฟล์ JAR ที่ลงชื่อและไม่ได้ลงชื่อ
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: เขียนล้มเหลว
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: แอพเพล็ต scriptWait () method broken
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: เซสชัน PyMOL อาจแสดงเซลล์หน่วยหลังจากอ่านจากสถานะที่บันทึกไว้
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่าน MMCIF ล้มเหลวสำหรับประเภทแอสเซมบลีหลายประเภท
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: ตัวอ่าน CIF & quot; biomolecule 1 & quot; แปลเป็น "โมเลกุล" & quot; ไม่ใช่ & quot; assembly & quot;
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: วิถีโหลดที่มีไฟล์หลายไฟล์ไม่ทำงาน
                                        • การแก้ไขข้อบกพร่อง: เมนูป๊อปอัป JS applet ไม่ปิดอย่างถูกต้องเมื่อเปลี่ยนภาษา
                                        • แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ได้กำหนดแอตทริบิวต์ HTML checkbox id
                                        • รหัส: การรีโค้ดโค้ดแอพเพล็ต / appletjs code; org.jmol.util.GenericApplet
                                        • รหัส: การจัดโครงสร้างใหม่การอ่านง่ายของเครื่องอ่านแบบบัฟเฟอร์และสตรีมอินพุตบัฟเฟอร์
                                        • รหัส: JavaScript refactoring ดีกว่าสร้าง _... XML
                                        • รหัส: JavaScript จำนวนเต็มยาวสั้นไบต์, ลอย, ซ้ำอีกครั้ง
                                        • รหัส: การกำกวมของ GT ._
                                        • รหัส: กำหนดคอนเท็กซ์ชั้นเรียนภายในทั้งหมดโดยไม่จำเป็นให้อยู่ในระดับบนสุด
                                        • รหัส: util แยก / ModulationSet ใช้ api / JmolModulationSet
                                        • รหัส - การแปลภาษาแอ็พเล็ตทั้งหมดอ่านได้จากไฟล์ .po ที่ธรรมดา:
                                        • สำหรับ JavaScript แล้ว
                                        • ไม่จำเป็นต้องคอมไพล์ไฟล์คลาสสำหรับภาษาแอพเพล็ต
                                        • ไม่มีภาษาไฟล์. jar
                                        • ไดเรกทอรี jsmol / idioma ใหม่จะเก็บไฟล์ .po สำหรับทั้ง Java และ HTML5
                                        • รหัส: การแสดงผล isosurface เร็วขึ้นโดยเพิ่ม & quot; frontonly & quot; โดยเลือก {xxx} เท่านั้น
                                        • รหัส: การแสดงผลด้วยไอโซสเฟียร์เร็วขึ้นโดยใช้ & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; ในกรณีที่เกี่ยวข้อง (จำนวนเต็ม)
                                        • รหัส: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - รวบรวมข้อมูลอ้างอิงทั้งหมดไปยัง URL.getContent () และ Class.getResource ()
                                        • รหัส: JavaScript ทำงานรอบสำหรับปัญหาชั้นภายในที่มีการกำหนดชื่อใหม่ของตัวแปร
                                        • รหัส: work-around สำหรับ eval (functionName) ไม่ทำงานใน JavaScript
                                        • รหัส: ทดลองกับการบดเคี้ยวโดยรอบ
                                        • รหัส: จำเป็นต้องมีการแสดงรายการสำหรับ Java Ju51 (มกราคม, 2014)
                                        • รหัส: JmolOutputChannel ย้ายไปที่ javajs.util.OutputChannel
                                        • รหัส: jsmol.php ได้รับการแก้ไขเพื่อให้ & quot; วิธี saveFile
                                        • รหัส: refactoring Parser ลงใน javajs.util
                                        • รหัส: DSSP ย้ายไปที่ org.jmol.dssx ทำให้ลดภาระทางชีวภาพของ JSmol ลง 20K
                                        • รหัส: แพคเกจ iText ถูกทิ้งไว้ไม่ได้อีกต่อไปเนื่องจากฉันเขียนผู้สร้าง PDF ของฉันเอง

                                          • สภาพแวดล้อมรันไทม์ Oracle Java Standard Edition

                                        22 Jun 18 ใน ซอฟต์แวร์การศึกษาและวิทยาศาสตร์, รส

ซอฟต์แวร์ที่คล้ายกัน

OpenElectrophy
OpenElectrophy

15 Apr 15

snakemake
snakemake

20 Feb 15

CLC Sequence Viewer
CLC Sequence Viewer

2 Jun 15

STEPS
STEPS

15 Apr 15

ความคิดเห็นที่ Jmol

ความคิดเห็นที่ไม่พบ
เพิ่มความคิดเห็น
เปิดภาพ!
ค้นหาตามหมวดหมู่
ซอฟแวร์ที่เป็นที่นิยม