ภาพหน้าจอของซอฟแวร์:
รายละเอียดซอฟแวร์:
รับการพัฒนาทีมงานต่างประเทศของนักพัฒนาก็กระจายความพยายามร่วมกันในการพัฒนาห้องสมุดหลามและการใช้งานที่ตอบสนองความต้องการของการทำงานในปัจจุบันและอนาคตในรส.
มีอะไรใหม่ ใน ข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.
- Bio.Phylo ขณะนี้มีการก่อสร้างต้นไม้และโมดูลฉันทามติจากที่ทำงาน GSoC โดย Yanbo Ye
- Bio.Entrez ตอนนี้จะโดยอัตโนมัติดาวน์โหลดและแคชไฟล์ DTD NCBI ใหม่สำหรับ XML แยกภายใต้ไดเรกทอรีบ้านของผู้ใช้ (ใช้ ~ / .biopython บน Unix เหมือนระบบและ $ APPDATA / biopython บน Windows).
- Bio.Sequencing.Applications ขณะนี้รวมถึงเสื้อคลุมสำหรับเครื่องมือบรรทัดคำสั่ง samtools.
- Bio.PopGen.SimCoal ตอนนี้ยังสนับสนุน fastsimcoal.
- SearchIO hmmer3 ข้อความ hmmer3 แท็บและ hmmer3-domtab ตอนนี้รองรับผลผลิตจาก hmmer3.1b1.
- BioSQL สามารถใช้แพคเกจข้อมูล mysql เชื่อมต่อ (สำหรับหลาม 2, 3 และ PyPy) เป็นทางเลือกที่ MySQLdb (งูใหญ่ 2 เท่านั้น) เพื่อเชื่อมต่อกับฐานข้อมูล MySQL.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.63:
- ตอนนี้ใช้งูใหญ่ 3 สไตล์ในตัวฟังก์ชั่นต่อไปใน สถานที่ของงูหลาม 2 iterators สไตล์ '.next วิธี ().
- รุ่นปัจจุบันเอาออกความต้องการของห้องสมุด 2to3.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.62:.
- การเปิดตัวครั้งแรกของ Biopython อย่างเป็นทางการสนับสนุนหลาม 3
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.60:
- โมดูลใหม่ Bio.bgzf สนับสนุนการอ่านและการเขียนไฟล์ BGZF ( ถูกบล็อครูปแบบซิป GNU) แตกต่างจาก GZIP ที่มีการเข้าถึงแบบสุ่มที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดที่นิยมใช้เป็นส่วนหนึ่งของรูปแบบไฟล์ BAM และใน tabix.
- GenBank / EMBL parser ตอนนี้จะให้คำเตือนเกี่ยวกับสถานที่คุณสมบัติไม่รู้จักและยังคงแยก (ออกจากตำแหน่งของสถานที่ในขณะที่ไม่มี).
- Bio.PDB.MMCIFParser จะรวบรวมในขณะนี้โดยค่าเริ่มต้น (แต่ก็ยังคงไม่ได้อยู่ภายใต้ Jython, PyPy หรืองูหลาม 3).
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.59:
- Bio.TogoWS โมดูลใหม่มีเสื้อคลุมสำหรับ TogoWS REST API.
- NCBI Entrez Fetch Bio.Entrez.efetch ฟังก์ชั่นได้รับการปรับปรุงเพื่อรองรับการจัดการที่เข้มงวดของ NCBI ของการขัดแย้ง ID หลายใน EFetch 2.0.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.58:
- อินเตอร์เฟซใหม่และ parsers สำหรับ PAML (การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการโดย สูงสุดน่าจะเป็น) แพคเกจของโปรแกรมสนับสนุน codeml, baseml และ yn00 เช่นเดียวกับการใช้งานอีกครั้งหลามของ chi2 ถูกบันทึกเป็นโมดูล Bio.Phylo.PAML.
- Bio.SeqIO ขณะนี้รวมถึงการสนับสนุนสำหรับการอ่านไฟล์ ABI (& quot; แซงเจอร์ & quot; ลำดับฝอยไฟล์ร่องรอยที่มีเรียกว่าลำดับที่มีคุณภาพ PHRED) .
- Bio.AlignIO & quot; Fasta-M10 & quot; parser ได้รับการปรับปรุงเพื่อรับมือกับเส้นเครื่องหมายที่ใช้ในบิลรุ่น FASTA เพียร์สัน 3.36.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.57:.
- Biopython ขณะนี้คุณสามารถติดตั้งกับจุดเล็ก ๆ
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.56:
- โมดูล Bio.SeqIO ได้รับการปรับปรุงเพื่อรองรับโปรตีน EMBL ไฟล์ (ใช้สำหรับฐานข้อมูลสิทธิบัตร), ไฟล์ IMGT (แตกต่างจากรูปแบบไฟล์ EMBL ด้วยความช่วยเหลือจากตัวแทนจำหน่าย Laserson) และ UniProt ไฟล์ XML.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.55:
- การทำงานมากได้รับการต่อหลาม 3 สนับสนุน (ผ่าน สคริปต์ 2to3) แต่ถ้าเราเลิกสิ่งที่คุณไม่ควรแจ้งให้ทราบการเปลี่ยนแปลงใด ๆ .
- ในแง่ของคุณสมบัติใหม่ที่เป็นไฮไลท์ที่เห็นได้ชัดเจนที่สุดก็คือเครื่องมือบรรทัดคำสั่งการเรียนการประยุกต์ใช้ห่อหุ้มอยู่ในขณะนี้ปฏิบัติการซึ่งจะทำให้มันง่ายมากที่จะเรียกเครื่องมือภายนอก.
ต้องการ
- หลาม 2.6 หรือสูงกว่า
ความคิดเห็นที่ไม่พบ