SSuMMo เป็นห้องสมุดของฟังก์ชั่นการออกแบบรอบซ้ำโดยใช้ hmmer เพื่อกำหนดลำดับการแท็กซ่า & nbsp;. ผลต้นไม้ข้อเขียนสูงแสดงสายพันธุ์ / การกระจายพันธุ์ในชุมชนที่
โปรแกรมที่มาพร้อมกับรหัสที่มารวมถึงเครื่องมือในการ: -
- สร้างฐานข้อมูลลำดับชั้นของรุ่นมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่ - dictify.py;
- จัดสรรลำดับที่จะได้รับการยอมรับชื่ออนุกรมวิธาน - SSUMMO.py;
- วิเคราะห์ความหลากหลายทางชีวภาพโดยใช้ซิมป์สัน, แชนนอนและอื่น ๆ methods- rankAbundance.py;
- เห็นภาพผลเป็น cladograms ที่มีความสามารถแตกต่างกันไปได้อย่างง่ายดายข้ามเปรียบเทียบชุดข้อมูล - comparative_results.py
- ผลการแปลงให้เป็นรูปแบบ phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- การเป็นตัวแทนการสร้าง Html - dict_to_html.py
- พล็อตเส้นโค้งเจือและคำนวณที่สอดคล้องดัชนีความหลากหลายทางชีวภาพ
รหัสที่มาของงูใหญ่ที่มีให้ที่นี่กับรหัส google ฐานข้อมูลลำดับชั้นที่สร้างไว้ล่วงหน้าของ HMMs เช่นเดียวกับฐานข้อมูล SQL อนุกรมวิธานที่ดีที่สุด (ใช้สำหรับ deducing จัดอันดับของแต่ละแท็กซอน) สามารถดาวน์โหลดได้จาก: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
สำหรับการติดตั้งข้อมูลโปรดดูที่ README สำหรับข้อมูลการใช้งานมีวิกิพีเดีย (ด้านบน) และคู่มือการใช้งานเบื้องต้นได้รับการเพิ่มลำต้น SVN
ต้องการ .
- หลาม
ความคิดเห็นที่ไม่พบ