ภาพหน้าจอของซอฟแวร์:
รายละเอียดซอฟแวร์:
รุ่น: 2.2.26
วันที่อัพโหลด: 15 Apr 15
ผู้พัฒนา: National Center for Biology Information
การอนุญาต: ฟรี
ความนิยม: 19
การจัดท้องถิ่นพื้นฐานเครื่องมือค้นหาอยู่ในระเบิดสั้น ๆ คือชุดของโปรแกรมการค้นหาความคล้ายคลึงกันออกแบบมาเพื่อสำรวจทั้งหมดของลำดับที่มีอยู่ฐานข้อมูลโดยไม่คำนึงว่าแบบสอบถามเป็นโปรตีนหรือดีเอ็นเอ
มันใช้วิธีแก้ปัญหาซึ่งพยายามท้องถิ่นเมื่อเทียบกับการจัดแนวของโลกและดังนั้นจึงสามารถที่จะตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างลำดับที่แบ่งปันภูมิภาคเพียงลำพังของความคล้ายคลึงกัน
มันสามารถทำงานในฐานะที่ปฏิบัติการเต็มรูปแบบและสามารถนำมาใช้ในการทำงานค้นหาระเบิดกับเอกชนฐานข้อมูลท้องถิ่นหรือดาวน์โหลดสำเนาของฐานข้อมูล NCBI มันทำงานบนระบบปฏิบัติการ Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF และระบบ HP- UX
มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.
- การปรับปรุง:
- เอกสารที่เพิ่มขึ้นรวมถึงคำแนะนำการติดตั้งง่ายสามารถดูได้ที่ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- เพิ่มการสนับสนุนสำหรับฮาร์ดกำบังของฐานข้อมูล BLAST.
- การปรับปรุงประสิทธิภาพของ makeblastdb สำหรับการป้อนข้อมูล FASTA มีจำนวนมากของลำดับการปรับปรุงข้อผิดพลาดการตรวจสอบ.
- อนุญาตให้ตัวเลือกที่ดีที่สุดตีและ XML รูปแบบสำหรับโหมด Blast2Sequences
- อนุญาตให้ลำดับการสอบถามหลาย psiblast.
- อนุญาตให้สเปคของลำดับการจัดเรียงลำดับหลายใด ๆ ที่เป็นหลักที่มีการโต้แย้ง -in_msa psiblast.
- เพิ่มอาร์กิวเมนต์ -input_type ไม่จำเป็นที่จะ makeblastdb.
- เพิ่มการสนับสนุนสำหรับการค้นหาและระยะเวลาในเรื่องการส่งออกตาราง.
- ผลการดำเนินงานของการโต้แย้ง -seqidlist ดีขึ้น.
- ขั้นต่ำของจำนวนคำอธิบายและการจัดแนวนี้ใช้สำหรับตารางและการส่งออก XML (สอดคล้องกับพฤติกรรมของการใช้งาน blastall เก่า).
- แก้ไขข้อผิดพลาด:
- Makeblastdb และปัญหา blastdbcmd กับการแยกและจัดเก็บและเรียกตัวระบุลำดับ.
- ระบุเรื่องที่ขาดหายไปในการส่งออกตาราง.
- Blast_formatter ละเลย -num_alignments และ -num_descriptions
- รูปแบบที่เก็บระเบิดจะถูกบันทึกไว้ไม่ถูกต้องกับคำสั่งหลาย.
- Blast_formatter จัดตั้งเชื่อมต่อเครือข่ายที่ไม่จำเป็น.
- Blast_formatter ไม่ได้บันทึกข้อมูลกำบังอย่างถูกต้อง.
- Rpstblastn อาจผิดพลาดถ้าการค้นหาลำดับจำนวนมาก.
- Megablast จัดทำดัชนีจะไม่ทำงานในโหมดมัลติเธรด.
- ชื่อแบบสอบถามใน PSSM บันทึกโดย psiblast ไม่ได้ถูกเก็บไว้.
- ความล้มเหลวที่เป็นไปได้ที่จะทำงานในโหมดมัลติเธรดที่มีคำสั่งหรือหลายลำดับฐานข้อมูลขนาดใหญ่.
- Tblastn ทำงานกับฐานข้อมูลกำบังอาจจะพลาดการแข่งขัน.
- ตัดการส่งออกสำหรับการป้อนข้อมูลลำดับที่มีช่องว่างพิเศษใน defline
- ปัญหากับไบนารี MacOSX บน MacOSX 10.5
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 2.2.24:
- เปิดตัวรูปแบบระเบิดคลังที่จะอนุญาตให้มีการจัดรูปแบบของการยืน คนเดียวกับระเบิดค้นหา blast_formatter.
- มันเพิ่มการสนับสนุนสำหรับกำบังอ่อนเรื่องแปลในฐานข้อมูล BLAST.
- มันเพิ่มการสนับสนุนสำหรับการดำเนินงานของบลาส Trace กลับ (BTOP) รูปแบบการออก.
- จะเพิ่มตัวเลือกบรรทัดคำสั่งเพื่อ blastdbcmd สำหรับรายชื่อที่มีอยู่ฐานข้อมูล BLAST.
- การปรับปรุงประสิทธิภาพของการจัดรูปแบบของการค้นหาระเบิดระยะไกล ใช้รหัสทางออกที่สอดคล้องกันสำหรับการออกจากเงื่อนไขหน่วยความจำ.
- การแก้ไขข้อผิดพลาดในการจัดทำดัชนี Megablast กับหลายพื้นที่แยกฐานข้อมูล BLAST.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 2.2.19:
- ตัวแปรสภาพแวดล้อม BLASTDB ในขณะนี้สนับสนุนเส้นทางการค้นหาฐานข้อมูลหลาย . เมื่อเป็นไปได้ตารางการค้นหาโปรตีนขนาดเล็กที่จะใช้ในการปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงาน.
- formatrpsdb ในขณะนี้สนับสนุนการสร้างฐานข้อมูลที่มีขนาดใหญ่กว่า 2G.
- seedtop ในขณะนี้สนับสนุนการค้นหาที่มีรายการ Gi.
- ค่า X3 สำหรับไทด์ / Megablast ได้รับการแก้ไข.
ความคิดเห็นที่ไม่พบ