BioJava

จะให้ขั้นตอนการวิเคราะห์และสถิติ parsers รูปแบบไฟล์ร่วมกันและช่วยให้การจัดการของลำดับและโครงสร้าง 3 มิติ.

BioJava เป็นเครื่องมือสำหรับการสำรวจความเป็นไปของ Java ในโลกชีวสารสนเทศส่วน

มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.

• บันทึกข้อผิดพลาดที่สอดคล้องกัน SLF4J จะใช้สำหรับการเข้าสู่ระบบและมีอะแดปเตอร์สำหรับทุกการใช้งานเข้าสู่ระบบที่สำคัญ.
• ปรับปรุงการจัดการของข้อยกเว้น.
• ลบเลิกวิธี.
• ขยายกวดวิชา BioJava.
• การปรับปรุงการอ้างอิงที่ใช้บังคับ.
• สามารถใช้งานบน Maven กลาง.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 4.0.0:

• บันทึกข้อผิดพลาดที่สอดคล้องกัน SLF4J จะใช้สำหรับการเข้าสู่ระบบและมีอะแดปเตอร์สำหรับทุกการใช้งานเข้าสู่ระบบที่สำคัญ.
• ปรับปรุงการจัดการของข้อยกเว้น.
• ลบเลิกวิธี.
• ขยายกวดวิชา BioJava.
• การปรับปรุงการอ้างอิงที่ใช้บังคับ.
• สามารถใช้งานบน Maven กลาง.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.1.0:

• คุณสมบัติใหม่:
• รุ่น CE-CP 1.4 มีพารามิเตอร์เพิ่มเติม
• การปรับปรุงขอบเขต 2.04
• การปรับปรุงใน FASTQ แยก
• แก้ไขข้อบกพร่องในการแยก PDB
• การแก้ไขเล็กน้อยในการจัดแนวโครงสร้าง

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.8:

• ใหม่:
• นักเขียน Genbank
• ตัวแยกวิเคราะห์ไฟล์ Karyotype จาก UCSC
• สำหรับสถานที่แยกวิเคราะห์ยีนจาก UCSC
• สำหรับชื่อตัวแยกวิเคราะห์ยีนย​​ื่นจาก genenames.org
• Module สำหรับรหัสถดถอยค็อกซ์สำหรับการวิเคราะห์การอยู่รอด
• การคำนวณพื้นที่ผิวที่สามารถเข้าถึงได้ (ASA)
• โมดูลสำหรับการแยกไฟล์ .OBO (จี)
• ปรับปรุง:
• ตัวแทนของ SCOP และการจำแนกประเภทเบิร์กลีย์ SCOP

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.7:

• เพิ่ม parser GenBank พื้นฐาน
.
• แก้ไขปัญหาเมื่อแปล codons กับเอ็น.
• ตอนนี้สามารถสรุปพันธบัตรในโครงสร้างโปรตีน.
• เพิ่มการสนับสนุนที่จะแยกบันทึก mmcif สำหรับสิ่งมีชีวิตและระบบการแสดงออก.
• แก้ไขข้อผิดพลาดเล็ก ๆ จำนวนมากและการปรับปรุง.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.6:

• การพัฒนาย้ายไป GitHub ได้ที่: https: // github.com/biojava/biojava

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.5:.

• parser ใหม่สำหรับการจัดหมวดหมู่ CATH
• parser ใหม่สำหรับรูปแบบไฟล์สตอกโฮล์ม.
• การแสดงที่ดีขึ้นอย่างมีนัยสำคัญของการประกอบโครงสร้างทางชีวภาพของโปรตีน ตอนนี้สามารถสร้างการชุมนุมทางชีวภาพจากหน่วยสมมาตร.
• แก้ไขข้อผิดพลาดหลาย.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.4:

• นี้เป็นส่วนใหญ่ปล่อยแก้ไขข้อผิดพลาดในประเด็น โครงสร้างโปรตีนและโมดูลความผิดปกติ.
• หนึ่งคุณลักษณะใหม่:. ข้อมูล SCOP ขณะนี้สามารถเข้าถึงได้ทั้งจากเว็บไซต์ SCOP เดิมในสหราชอาณาจักรหรือรุ่นที่เบิร์กลีย์

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.3:

• การปรับปรุงที่สำคัญไปยังโมดูลบริการเว็บ (NCBI ระเบิด และ hmmer บริการเว็บ).
• & quot; ใหม่ & quot; parser fastq (รังเพลิงจาก biojava 1 ชุดรุ่น 3).
• การสนับสนุนสำหรับ sifts-PDB ที่จะทำแผนที่ UniProt.
• โมดูล Protmod เปลี่ยน modfinder.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.2:

• โปรตีนโครงสร้างการจัดการที่ดีขึ้นของโดเมนโปรตีน: ขณะนี้สนับสนุน SCOP ฟังก์ชั่นใหม่สำหรับการทำนายอัตโนมัติของโดเมนโปรตีนขึ้นอยู่กับตัวแยกวิเคราะห์โปรตีนโดเมน.
• การปรับปรุงไมเนอร์และแก้ไขข้อผิดพลาดในโมดูลอื่น ๆ อีกหลาย.
• biojava3-AA-prop นี้โมดูลใหม่ที่ช่วยให้การคำนวณทางกายภาพและทางเคมีและคุณสมบัติอื่น ๆ ของลำดับโปรตีน
.
• biojava3 โปรตีน-ความผิดปกติ: โมดูลใหม่สำหรับการคาดการณ์ของภูมิภาคระเบียบในโปรตีน มันขึ้นอยู่กับการใช้ Java ของทำนาย Ronn.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.0.1:

• รุ่น 3.0.1 เป็นส่วนใหญ่แก้ไขข้อผิดพลาด ปล่อย 3.0 ล่าสุดที่ออกซึ่งให้เขียนที่สำคัญของฐานรหัส biojava.

ต้องการ

• Java 1.6 หรือสูงกว่า