CaPSID

capsid เป็นแพลตฟอร์มที่ครอบคลุมเปิดแหล่งที่มาซึ่งรวมที่มีประสิทธิภาพสูงท่อคำนวณสำหรับการระบุลำดับเชื้อโรค & nbsp; และลักษณะในจีโนมของมนุษย์และทรานสร่วมกับฐานข้อมูลผลการปรับขนาดได้และใช้งานง่ายโปรแกรมซอฟต์แวร์บนเว็บสำหรับการจัดการ, การสอบถาม และผลภาพ
เริ่มต้น
คุณจะต้องมีฐานข้อมูล MongoDB, Python 2.6+ การติดตั้งและ Apache Tomcat 6+ สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมอ่านวิกิพีเดีย:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What ใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์นี้:

• แก้ไข เกิดข้อผิดพลาดเมื่อใช้การลบและการจัดตำแหน่งไม่พบ
• งานอื่น ๆ ในการแก้ไขคำสั่งยาว

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.4.2:

• ลบ MongoKit พึ่งพา

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.4.1:

• การแก้ไขหมดเวลาสำหรับการค้นหาเคอร์เซอร์สถิติยาว

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.4.0:

• สถิติเพิ่มในขณะที่พวกเขาจะถูกเรียกใช้มากกว่าทั้งหมด ในตอนท้าย
• บันทึก id ไม่ซ้ำกันสำหรับยีนเป็น UID



มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.2.7:

• แก้ไข README

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.2.6:

• ลบกรอง unmapped เมื่อมีการสร้างแมปอ่าน

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.2:

• ยูทิลิตี้ในการสร้างไฟล์ FastQ จาก unmapped อ่าน
• ยูทิลิตี้ที่จะกลับมาจุดตัดของไฟล์ FastQ
• ยูทิลิตี้ที่จะกลับไฟล์กรอง FastQ
• เพิ่ม mapq ธงเกณฑ์ที่จะลบ
• Gbloader ตอนนี้สามารถโหลดเชื้อแบคทีเรียและเชื้อราจีโนม
• บันทึกลำดับจีโนมกับฐานข้อมูลโดยใช้ GridFS
• ปล่อยหน่วยความจำลดลงเมื่อคำนวณสถิติ
• การใช้กระบวนการย่อยแทน os.system
• mapq กรองคะแนนต้องมี 0

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.1:

• เพิ่มการสนับสนุนสำหรับคู่สิ้นอ่าน

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 1.0.1:

• เพิ่มการสนับสนุนสำหรับการตรวจสอบ MongoDB

ต้องการ

• หลาม
20 Feb 15 ใน ซอฟต์แวร์การศึกษาและวิทยาศาสตร์, รส