DendroPy

จะให้ชั้นเรียนและฟังก์ชั่นสำหรับการทำงานกับข้อมูลสายวิวัฒนาการเช่นต้นไม้และเมทริกซ์ของตัวละคร
นอกจากนี้ยังสนับสนุนการอ่านและการเขียนข้อมูลในช่วงของรูปแบบข้อมูลมาตรฐานสายวิวัฒนาการเช่น NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA ฯลฯ ..
นอกจากนี้สคริปสำหรับการดำเนินการบางสายวิวัฒนาการการคำนวณที่มีประโยชน์มีการกระจายเป็นส่วนหนึ่งของห้องสมุดเช่น SumTrees ซึ่งสรุปการสนับสนุนสำหรับแยกหรือ clades ที่ได้รับจากกลุ่มตัวอย่างหลังของต้นไม้
มีเอกสารขยายกำลังและไฟล์กวดวิชาในแพคเกจการดาวน์โหลด

มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.

• โครงสร้างพื้นฐานใหม่สำหรับเมตาดาต้า คำอธิบายประกอบ:. AnnotationSet และหมายเหตุ
• สนับสนุนอย่างเต็มที่จาก NeXML 0.9 แยกเมตาดาต้าและการเขียน.
• get_from_url () และ read_from_url () วิธีนี้ช่วยให้สำหรับการอ่านข้อมูลจากสายวิวัฒนาการของ URL.
• เพิ่ม GBIF โมดูลการทำงานร่วมกัน (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.12.2:

• โครงสร้างพื้นฐานใหม่สำหรับคำอธิบายประกอบ metadata: AnnotationSet และหมายเหตุ
• สนับสนุนอย่างเต็มที่จาก NeXML 0.9 แยกเมตาดาต้าและการเขียน.
• get_from_url () และ read_from_url () วิธีนี้ช่วยให้สำหรับการอ่านข้อมูลจากสายวิวัฒนาการของ URL.
• เพิ่ม GBIF โมดูลการทำงานร่วมกัน (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.11.0:

• สคริปต์แอพลิเคชันใหม่สำหรับกำหนดการของป้ายชื่อสาขาจากทั่ว หลายต้นการป้อนข้อมูล:. sumlabels.py
• ระดับการทำงานร่วมกันใหม่ dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. เสื้อคลุมสำหรับลำดับ-Gen รวมอยู่ในห้องสมุด
• ฟังก์ชั่นการทำงานร่วมกันใหม่ dendropy.interop.muscle.muscle_align (). เสื้อคลุมสำหรับการจัดตำแหน่งกล้ามเนื้อ
• ระดับการทำงานร่วมกันใหม่ dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. เสื้อคลุมสำหรับ RAxML
• prune_taxa () วิธีการที่จะเพิ่ม CharacterMatrix.
• โมดูลคณิตศาสตร์ย้ายไป subpackage ของตัวเอง:. dendropy.mathlib
• โมดูลใหม่สำหรับการคำนวณเมทริกซ์และเวกเตอร์:. dendropy.mathlib.linearalg
• โมดูลใหม่สำหรับการคำนวณระยะทางสถิติ. dendropy.mathlib.distance
• ครอบครัว Mahalanobis ฟังก์ชั่นคำนวณระยะทางใน dendropy.mathlib.distance. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.9.0:

• คุณสมบัติใหม่:
• ความแตกต่างเป็นอิสระวิวัฒนาการ (PIC) การวิเคราะห์ในขณะนี้สามารถดำเนินการได้โดยใช้ระดับ dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• ง่ายมี Coalescent (ต้นไม้ยีนในต้นไม้ชนิด) จำลอง.
• การเปลี่ยนแปลง:
• ข้อโต้แย้งคำหลักเพื่อ as_string () write_to_path () write_to_file วิธีการอื่น ๆ ได้รับการเอ็นดูจะกลายเป็นสอดคล้องกันมากขึ้นสำหรับ NEXUS และรูปแบบ Newick ก่อนหน้าคำหลักที่ยังคงได้รับการสนับสนุน แต่จะถูกเลิกใช้ ชุดใหม่ของการขัดแย้งคำหลักที่ได้รับการสนับสนุนสามารถมองเห็นได้ใน: อ้างอิง: NEXUS และ Newick เขียนการปรับแต่ง & # x3c; & # Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick x3e; ส่วน.
• NEXUS และรูปแบบ Newick ตอนนี้เริ่มต้นกับกรณีตายป้ายแท็กซอน; ระบุ case_insensitive_taxon_labels = เท็จกรณีไว.
• แก้ไขข้อผิดพลาด:
• อ่านตัวอักษรอินเตอร์ลีเมทริกซ์ไม่มีผลในการป้องกันต่อไปนี้เป็นข้าม (NEXUS).
• ติด OverflowError เมื่อคำนวณสถิติสรุป.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.8.0:

• วัตถุต้นไม้ขณะนี้คุณสามารถ rerooted ที่จุดกึ่งกลาง (ดู Tree.reroot_at_midpoint ()).
• คำอธิบายประกอบ (เช่นลักษณะของต้นไม้วัตถุโหนดหรือขอบที่มี & quot; บันทึกย่อ () & quot; เรียกพวกเขา) ตอนนี้สามารถเขียนเป็นความเห็นของเมตาดาต้า (& quot; [& ฟิลด์ value =] & quot;) เมื่อเขียน NEXUS / Newick รูปแบบถ้า annotations_as_comments โต้แย้งคำหลักที่ถูกนำมาใช้.
• เมื่ออ่านใน NEXUS / Newick ต้นไม้รูปแบบระบุ extract_comment_metadata = True จะมีผลในการแสดงความคิดเห็นเมตาดาต้าที่ถูกดึงเข้าไปในพจนานุกรมด้วยปุ่มเป็น fieldnames และค่านิยมที่เป็นค่าสนาม.
• เมื่ออ่านข้อมูลรูปแบบ NEXUS, ชุดบล็อกจะถูกประมวลผลและชุดตัวอักษรที่แยกออกเป็น CharacterDataMatrix ที่เกี่ยวข้อง.
• ชุดตัวละคร (ในขณะที่ตัวอย่างเช่นแยกออกจาก NEXUS ชุดบล็อก: ดูด้านบน) สามารถส่งออกเป็นวัตถุ CharacterDataMatrix ใหม่และเป็นบันทึก / จัดการ / etc independentally.
• เมื่อมีการเขียนในรูปแบบ NEXUS หรือ Newick อาร์กิวเมนต์คำ write_item_comments (จริงหรือเท็จ) สามารถควบคุมว่าการแสดงความคิดเห็นที่เกี่ยวข้องกับการขยายโหนดบนต้นไม้จะเขียนหรือไม่.
• ระดับ TopologyCounter เพิ่มไปยัง dendropy.treesum:. ช่วยให้การติดตามของความถี่โครงสร้าง
• treesplits.tree_from_splits () ช่วยให้อาคารของ (โครงสร้างเดียว) ต้นไม้จากชุดของแยกได้.
• การทำงานส่วนใหญ่ที่ใช้ในการเป็น 'dendropy.treemanip' ได้รับตอนนี้เป็นวิธีการอพยพชาวระดับ dendropy.Tree 'dendropy.treemanip' จะเลิก.
• ต้นไม้สามารถ pruned ขึ้นอยู่กับรายชื่อของป้ายแท็กซ่าที่จะลบหรือเก็บ (ก่อนหน้านี้วิธีเดียวที่จะรับรายชื่อของวัตถุแท็กซอน).

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.7.1:

• คุณสมบัติใหม่:
• การดำเนินงานของ 'วิธีการสุ่มตัวอย่างทั่วไป (ฮาร์ทแมน, et al 2010:... ต้นไม้การเก็บตัวอย่างจากรุ่นวิวัฒนาการ; Syst Biol 49, 465-476). วิธีการจำลองรูปแบบมาจากต้นไม้ที่เกิดการตาย
• การเปลี่ยนแปลง:
• แก้ไข / ชื่อที่สอดคล้องกันสำหรับฟังก์ชั่นบางอย่างน่าจะเป็น.
• แก้ไขข้อผิดพลาด:
• ข้อผิดพลาดในการยืนยันการเขียนทับของไฟล์ที่ส่งออกเมื่อใช้ 'อี' SumTrees / - แยกขอบ '. ตัวเลือก
• โบราณและผมหงอกอ้างอิงกึ่งฟอสซิลที่ 'taxa_block' การแก้ไขให้ 'taxon_set.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.7.0:.

• อพยพไปยังใบอนุญาต BSD สไตล์

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.6.1:

• SumTrees ตอนนี้ทำงาน (ในโหมดอนุกรม) ภายใต้เก่า รุ่นหลาม (เช่น & # x3c; 2.6).
• แก้ไขสำหรับการทำงานร่วมกันกับงูหลาม 2.4.x.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.5.0:

• เพิ่ม ladderize () วิธีการสั่งซื้อในโหนด จากน้อยไปมาก (เริ่มต้น) หรือลง (ladderize (ขวา = True)) เพื่อ.
• เพิ่ม & quot; สัตว์สรุปต้นไม้ & quot; ข้อกำหนดในการประมวลผลสคี BEAST ข้อเขียนต้นไม้ฉันทามติ.
• เพิ่มโมดูลใหม่สำหรับการโต้ตอบกับฐานข้อมูล NCBI. dendropy.interop.ncbi

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 3.4:..

• ez_setup.py แถมการปรับปรุงเพื่อให้รุ่นล่าสุด

ต้องการ

• หลาม 2.4-3.0