edittag เป็นคอลเลกชันการประยุกต์ใช้สำหรับการออกแบบชุดแก้ไขแท็กลำดับตัวชี้วัดการตรวจสอบแท็กลำดับสำหรับรูปแบบเพื่อแก้ไขตัวชี้วัดและการบูรณาการแท็กลำดับอะแดปเตอร์ลำดับแพลตฟอร์มที่เฉพาะเจาะจงและไพร PCR edittag แตกต่างจากวิธีการอื่น ๆ :
& nbsp; * edittag สร้างความยาวโดยพลการของแท็กลำดับ-แก้ไขตัวชี้วัดในกรอบเวลาที่เหมาะสมโดยใช้หลายตัว
& nbsp; * edittag ผลิตชุดแก้ไขแท็กลำดับตัวชี้วัดให้สอดคล้องกับระยะทางแก้ไขที่เลือก
& nbsp; * primer3 ใช้ edittag เพื่อบูรณาการแท็กลำดับไพร PCR
เราให้ชุดใหญ่หลายแก้ไขแท็กลำดับตัวชี้วัดการออกแบบโดยใช้ edittag ในรูปแบบต่อไปนี้:
& nbsp; ข้อความ * - แฟ้มนี้อยู่ในรูปแบบที่เหมาะสมสำหรับ check_levenshtien_distance.py
& nbsp; * CSV
& nbsp; * ฐานข้อมูล SQLite
อ้างอิง
Faircloth BC, เกล็น TC ชุดใหญ่ของประชาชนลำดับแก้ไขเมตริก
แท็กเพื่ออำนวยความสะดวกมัลติขนาดใหญ่ของอ่านจากอย่างหนาแน่น
ลำดับขนาน doi_
การติดตั้ง:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
หลาม setup.py ติดตั้ง
กรุ
คอมไพล์คอมไพล์โคลน: //github.com/baddna/edittag.git edittag
แพคเกจที่เลือกได้ (PY-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf หลาม Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
หลาม setup.py ติดตั้ง
แพคเกจที่เลือกได้ (primer3)
หากคุณต้องการที่จะออกแบบไพรเมอร์ที่ผสมผสานการแก้ไขแท็กลำดับตัวชี้วัดที่คุณจะต้องติดตั้งรุ่นล่าสุดของ primer3:
โคลนคอมไพล์คอมไพล์: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd-mod primer3 / src
ทำ
ให้ติดตั้ง
ให้แน่ใจว่าคุณย้ายไบนารีจาก MOD-primer3 ไปยังสถานที่ในเส้นทางของคุณ (เลื่อนอย่างน้อย primer3 ยาวและ primer3_config ลงในไดเรกทอรีเดียวกันในเส้นทางของคุณ) จากนั้นคุณสามารถเรียกใช้
ต้องการ
- หลาม
- NumPy
- Levenshtein
- MOD-primer3
ความคิดเห็นที่ไม่พบ