NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit ให้ฟรีแบบพกพา, ห้องสมุดโดเมนสาธารณะโดยไม่มีข้อ จำกัด ในการใช้งาน มันทำงานบน Unix, MS Windows และ Mac แพลตฟอร์มระบบปฏิบัติการ:
ยทระบบเครือข่ายและการสื่อสารระหว่าง (IPC) ห้องสมุดที่มีอะแดปเตอร์ iostream
ยท multithreading ห้องสมุด
ยท CGI และรวดเร็ว-CGI ห้องสมุด
ยท HTML การสร้างห้องสมุด
ยท SQL ฐานข้อมูลการเข้าถึงห้องสมุด
ยท C ห้องสมุดเสื้อคลุม ++ สำหรับ BerkeleyDB
ยท C ++ iostream แปลงไฟ / Wrapper ห้องสมุด
ยท GZIP และ BZ2 C ++ Wrapper ห้องสมุดพร้อมอะแดปเตอร์ iostream
ยท ASN.1 และ XML เป็นอันดับห้องสมุดด้วย C ++ รหัสเครื่องมือเครื่องกำเนิดไฟฟ้า (datatool)
ยทวันที่และเวลาห้องสมุด
ยทไฟล์ห้องสมุดฟังก์ชั่นระบบ
ยทบรรทัดคำสั่งอาร์กิวเมนต์, การกำหนดค่าและสภาพแวดล้อมการประมวลผลห้องสมุด
ยทลำดับขั้นตอนวิธีการจัดห้องสมุด
ยทระเบิดเครื่องยนต์ห้องสมุด
ยทชีวภาพลำดับการดึงและการประมวลผลห้องสมุด
ยท FLTK แบบพกพาและ OpenGL ตาม GUI และห้องสมุดกราฟิก
นอกจากข้างต้นมีจำนวนมากทั้งห้องสมุดมีประโยชน์มากขึ้นวัตถุประสงค์ทั้งทั่วไปและเทคโนโลยีชีวภาพที่เกี่ยวข้องที่มีการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง, การบำรุงรักษาและใช้ในการผลิตในชีวิตจริงโดยหลายร้อยเว็บและการใช้งานแบบสแตนด์อโลนและเขียนโปรแกรมของพวกเขา (หรือนับร้อย)
ถ้าคุณเป็นนักพัฒนาภาษา C ++ คุณจะได้พบกับธรรมชาติแบบพกพาของห้องสมุดที่มีประโยชน์มากในการสร้างการใช้งานข้ามแพลตฟอร์มแม้ว่าคุณจะไม่ได้มีความสนใจมากในชีวสารสนเทศศาสตร์ ห้องสมุดเช่นคนสำหรับ CGI / Fast-CGI, HTML, เครือข่าย, การเข้าถึงฐานข้อมูล SQL, ASN.1 และ XML เป็นอันดับมีวัตถุประสงค์ทั่วไปมากและสามารถนำมาใช้ในความหลากหลายของการใช้งานนอกโดเมนปัญหาชีวสารสนเทศศาสตร์
C ++ Toolkit ผ่านการพัฒนางานกับห้องสมุดที่ถูกสร้างขึ้นทุกคืน รหัสแหล่งที่มาเป็นอิสระที่มีอยู่ผ่านทาง FTP และ CVS เอกสารสำหรับ C ++ Toolkit เป็นพร้อมใช้งานออนไลน์ในรูปแบบชั้นวางหนังสือพับและยังเป็นหนังสือที่สามารถดาวน์โหลดได้ในรูปแบบ PDF Acrobat ของ

มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.

• ไฮไลท์:
• เพิ่ม LDS2 (ข้อมูลการจัดเก็บ v.2) ซึ่งอยู่บนพื้นฐาน SQLite3 มีคุณสมบัติใหม่และประสิทธิภาพที่ดีขึ้น นอกจากนี้การดำเนินการตัก LDS2 ข้อมูลไปใช้ LDS2 จากตัวจัดการวัตถุ.
• XmlWrapp นี้เฉพาะการจัดการ XML สะดวก API ได้รับส่วนใหญ่เสร็จแล้ว (และแม้เงา).
• การดำเนินการขุดเจาะอุโมงค์และการอนุญาตการเชื่อมต่อ HTTP และอุโมงค์ของซ็อกเก็ตการรักษาความปลอดภัยผ่านพร็อกซี HTTP.
• CFormatGuess ขณะนี้ช่วยให้ความแตกต่างระหว่าง GTF, GFF3 และ GFF2 มันอาจทำลายการเปลี่ยนแปลง สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมดูที่ด้านล่าง.
• การดำเนินการส่วนใหญ่ของ CFeatTree ชั้นในการจัดระเบียบคุณสมบัติที่กำหนดไว้ในลำดับทางชีวภาพลงในลำดับชั้นที่สะท้อนให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่างพ่อแม่และลูกของพวกเขา (ขึ้นอยู่กับชนิดย่อยคุณลักษณะ).
• CORELIB:
• การแปลงดำเนินการสถานที่เกิดเหตุที่เป็นอิสระของสตริงที่สองและกลับ; ห้องสมุดหลักของการเปลี่ยนแปลงที่จะใช้มัน.
• NSTR :: ชิดขอบ () - สำหรับการจัดรูปแบบย่อหน้าของข้อความ
.
• CNcbiApplication - ทำให้ FindProgramExecutablePath แบบคงที่และมีประสิทธิภาพมากขึ้น เพิ่มคงที่วิธี GetAppName ระดับสูง มองหาแฟ้มการกำหนดค่าระดับโลกในกรณีอื่น ๆ อีกมากมาย.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. วิธีการใหม่เปิดเผยตรรกะกำหนดซึ่งไฟล์ (ถ้ามี) ในการโหลด
• CEnvironmentCleaner. - คลาสใหม่ที่จะทิ้งตัวแปรสภาพแวดล้อมที่ไม่พึงประสงค์
• CFileIO - กลับไปพฤติกรรมเดิม. ไม่ปิดจับไฟล์ถ้ามันได้รับมอบหมายผ่าน SetFileHandle ()
• SERIAL:
• อันดับของ AnyContent วัตถุข้อมูล - คงที่การรับรู้และกระบวนการอย่างถูกต้องแอตทริบิวต์ในค่าของพวกเขา
.
• แก้ไขการอ่านข้อมูล XML จะกำหนดให้กับองค์ประกอบค่าเริ่มต้นเมื่อมีเนื้อหา.
• เพิ่มการสนับสนุนสำหรับลำดับขององค์ประกอบที่องค์ประกอบมีค่าเริ่มต้น.
• DATATOOL:
• การสร้างรหัสที่ถูกต้องของ:
• เลือกวัตถ​​ุข้อมูล;
• ประเภทข้อมูลไบนารีที่มีคุณลักษณะ.
• การแปลงแก้ไขของค่าประเภทสองที่จะรักษาตัวเลขที่มีนัยสำคัญมากขึ้น.
• CONNECT:
• เพิ่มตัวเลือกซ็อกเก็ต keepalive (fSOCK_KeepAlive).
• เพิ่ม NCBI ทดสอบการเชื่อมต่อ (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile. - ฟังก์ชั่นใหม่สำหรับการค้นหาไฟล์ข้อมูลใน (กำหนด) สถานมาตรฐาน
• CChecksumStreamWriter. - คลาสใหม่ที่จะคำนวณการตรวจสอบของข้อมูลที่เขียนให้กระแส
• g_GZip_ScanForChunks () - API ใหม่ในการค้นหาตำแหน่งที่ถูกบีบอัดกระแส ที่เพิ่มเข้ามาดำเนินการในการรับตำแหน่งสำหรับไฟล์ gzip แยกภายในแฟ้ม gzip ตัดแบ่ง.
• เพิ่มการบีบอัด / decompression manipulators กระแส (รวม / util / ลูกประคบ / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / C} pp) ปรับปรุงด้วยอาจทำลายการเปลี่ยนแปลง วัตถุประสงค์ของการนี​​้คือการอนุญาตให้ CFormatGuess ที่จะแยกแยะระหว่าง GTF, GFF3 และ GFF2 ขณะก้อนทุกรูปแบบที่เป็นหนึ่งในค่า 'Egtf' ค่าเดิม 'Egtf' (3) จะถูกแทนที่ด้วย 'eGtf_POISONED', และจะไม่ได้กลับมาอีกครั้ง ค่าใหม่สำหรับ 'Egtf' (21) จะหมายถึงไฟล์ที่ควรจะอ่านด้วย CGtfReader (objtools / อ่าน / gtf_reader.hpp) ค่าใหม่ 'eGff3' (22) เป็นไฟล์ที่หมายถึงการอ่านที่มี CGff3Reader (objtools / อ่าน / gff3_reader.hpp) และ 'eGff2' (24) เป็นไฟล์ที่หมายถึงการอ่านที่มี CGff2Reader (รวม / objtools / ผู้อ่าน /gff2_reader.hpp)
• BIO วัตถุ:
• CBioseq :: GetNonLocalId - วิธีการใหม่ที่จะช่วยให้ลำดับสถานที่นำเข้าจากไฟล์ FASTA มีคุณสมบัติหลากหลายในบริบทมากขึ้น ห่อโดย CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (ใหม่เช่นเดียวกัน).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - ดำเนินการหรือปรับปรุงการรับรู้สำหรับคำนำหน้ามากขึ้น (GA, HH, ฮาวาย, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ และ IAA-Izz บางส่วนที่สอดคล้องกับความเป็นไปได้ใหม่ของ DDBJ TPA ข้อมูล WGS) และผสมใน TPA สายโปรตีน (ส่วนใหญ่มาจาก EMBL แต่บางคนจาก GenBank เกินไป).
• แยกแยะสาย WGS หลักโดยบิตธงใหม่ ผ่อนคลายตรรกะการจดจำ PDB กว่าเข้มงวด.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs. - ฟังก์ชั่นใหม่สำหรับการทำงานกับตัวระบุลำดับข้อความธรรมดา, ปัจจัยจาก CFastaReader และทั่วไปค่อนข้าง
• SSeqIdRange - ชนิดใหม่ (สมบูรณ์ด้วยการแยกวิเคราะห์และ-the-fly & quot; iterator & quot;) สำหรับการทำงานกับช่วงลำดับ-id เป็นปัจจุบันในบาง FASTA defline ปรับเปลี่ยนแหล่งที่มา
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - เลือกที่ยอมรับชื่อที่กำหนดเองสำหรับลำดับเดียว แท็กช่วงลบสาระกับนำ 'คของ.

.
• CFastaReader - การสนับสนุนช่วงลบสาระและเลื่อมขนาดกะทัดรัด defline สไตล์ไวยากรณ์ช่องว่าง (? & quot; & gt; N & quot; ที่ N คือจำนวนหรือ & quot; & gt; unk100 & quot;)
• โคบอลต์:
• เพิ่ม -num_domain_hits ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งที่ จำกัด จำนวนโดเมนอนุรักษ์ต่อลำดับที่ใช้ในการคำนวณข้อ จำกัด การจัดตำแหน่ง.
• ต้นไม้:
• เพิ่มอินเตอร์เฟซระดับที่สูงขึ้นสำหรับการคำนวณต้นไม้สายวิวัฒนาการจากการจัดแนวลำดับ (ตัวอย่างเช่นระเบิดและผลโคบอลต์) ชั้น CPhyTreeCalc คำนวณ phylogenetic ต้นไม้และต้นไม้ CPhyTreeFormater พิมพ์ในรูปแบบ Newick และ Nexus.
• ห้องสมุด BIO-วัตถุ:
• CheckNumRows ดำเนินการ () และวิธีการอื่น ๆ สำหรับการจัดแนวเบาบาง.
• ในการลดการปล่อยหน่วยความจำ: เพิ่มตะขออ่านเพื่อลดหน่วยความจำที่ใช้โดยการจัดแนวหลังจาก deserialization; นาสาระตอนนี้ใช้หนึ่งไบต์ของหน่วยความจำที่เป็นไปได้; เลือก Score.value จะถูกฝังอยู่ในขณะนี้ใน CScore.
• ประโยชน์ในการเข้า CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-วัตถุ MANAGER:
• วิธีการเพิ่มทะเยอทะยานสำหรับเขตข้อมูลแบบบูลใน CTableFieldHandle.
• เพิ่ม GetBestGeneForFeat () ตาม CFeatTree.
• ดำเนินการ GetBestOverlappingFeat () บน CFeatTree.
• เพิ่มอย่างรวดเร็ว cscope :: GetTaxid ().
• โหลดจำนวนมากสำหรับการดำเนินการตามมาตรฐาน / ver, กูเกิล, ฉลากและ TaxID.
• เพิ่มช่องว่างความยาวเป็นศูนย์ตรวจสอบเพื่อ CSeqMap และ CSeqVector.
• ดำเนินการ GetLength () และ GetCoverage () สำหรับสถานที่พันธบัตร.
• การปรับปรุง:
• วิธีการช่วยเหลือที่เพิ่มเข้ามาเพื่อเติมเต็ม CFeatTree ในสถานที่ตั้ง.
• เร่งทำแผนที่ของสถ​​านที่ที่เรียบง่ายใน CSeq_loc_mix CFeat_CI.
• การเรียงลำดับเข้มงวดของคุณสมบัติใน CFeat_CI เพื่อหลีกเลี่ยงความงงงวย.
• CSeq_feat_Handle getters ตอนนี้ทำงานกับลำดับตารางมีเกินไป.
• คุณสมบัติลำดับตารางในขณะนี้สนับสนุนสาขาที่ผู้ใช้หลายระดับ.
• Non-Seq ฝีมือลำดับตารางได้รับการยอมรับในขณะนี้แม้ว่าอยู่ในก้อนแยก.
• Sped ขึ้น CBioseq_Handle :: AddId ().
• เหมาะ cscope :: AttachXxx ().
• การสนับสนุนแยกบันทึกย่อของชื่อ.
• CSeqVector และ CSeqVector_CI ของ CanGetRange () ตอนนี้กลับเท็จแทนการขว้างปาข้อยกเว้น.
• อนุญาตให้ระบุวิธีการจัดการที่มีด้ามจับที่มีอยู่ใน ResetHistory ().
• เหมาะเลี้ยงดูอีกครั้งถ้าคุณสมบัติมากขึ้นมีการเพิ่ม CFeatTree.
• เพิ่มความเป็นไปได้ในการแก้ปัญหาการสร้าง cscope / ลบ.
• การเปลี่ยนแปลงหลายฟังก์ชั่นการทำความสะอาด C ++ ที่จะเลียนแบบการทำงานของการทำความสะอาดที่มีอยู่แล้วในซียังคงมีการทำงานมากขึ้นที่จะทำได้ด้วย BasicCleanup แต่ความคืบหน้าอย่างมีนัยสำคัญได้รับการทำ งานเล็ก ๆ น้อย ๆ ที่ได้รับการทำเพื่อ ExtendedCleanup ยังเป็นของ.
• CSeq_loc_Mapper ขณะนี้คุณสามารถเริ่มต้นได้ด้วย GC-สมัชชา.
• แก้ไขข้อผิดพลาด:
• การทำแผนที่ของสถ​​านที่คงที่ผสมในสาระลบใน CFeat_CI.
• การแก้ไขในหลายวิธี CFeatTree เชื่อมโยงคุณลักษณะ.
• หลายแก้ไขความปลอดภัยด้าย.
• พิมพ์คงที่การป้องกันการเพิ่มสอดคล้องและกราฟเพื่อ CSeq_annot_EditHandle.
• ป้องกันข้อยกเว้นเมื่อเรียงลำดับคุณสมบัติใน CFeat_CI.
• GenBank ข้อมูล LOADER:
• ลงทะเบียน HP​​RD คำอธิบายประกอบภายนอก.
• เพิ่มตัวเลือก exclude_wgs_master พารามิเตอร์ในผู้อ่าน pubseqos / pubseqos2.
• โหลดจำนวนมากสำหรับการดำเนินการตามมาตรฐาน / ver, กูเกิล, ฉลากและ TaxID.
• เพิ่ม CGBDataLoader :: CloseCache ().
• ปรับปรุง:
• การร้องขอใช้เป็นกลุ่มโหลดใน cscope :: GetBioseqHandles ().
• สถิติผู้อ่านแยกตามประเภทของ blobs โหลด.
• เพิ่มการประทับเวลาที่จะ GenBank ข้อความแก้ปัญหา.
• ใช้ IConnValidator สำหรับการเปิดการเชื่อมต่อ PubSeqOS.
• เพิ่มแยกรุ่นการร้องขอก้อนและก้อนคีย์ย่อยในแคช GenBank หลีกเลี่ยงการใช้ชิ้นที่ไม่ถูกต้องเมื่อรัฐแยกหยดมีการเปลี่ยนแปลงใน ID.
• เพิ่มรองชื่อพระรามสับสนน้อยลงสำหรับการหมดเวลาเปิด.
• อย่าคูณลองใหม่อีกครั้งโดยการนับจำนวนการเชื่อมต่อ.
• วัตถุทดสอบ MANAGER และการประยุกต์ใช้ DEMO:
• id2_fetch_simple. - เพิ่มตัวเลือก -id สำหรับหมายเลขลำดับ-โดยพลการของ
• test_bulkinfo -. การประยุกต์ใช้การทดสอบใหม่
• FASTA:
• การทำงานตารางคุณลักษณะ C ++ ได้รับการทำทำงานมากขึ้นเช่นส่วนหนึ่งของโครงการ Bankit.
• asn2flat ยูทิลิตี้
• จำนวนมากของการเปลี่ยนแปลงการจัดรูปแบบ flat-file ที่จะนำมันมีความใกล้ชิดกับรัฐปล่อยพร้อม (อาจจะปล่อยพร้อมที่จุดนี้แม้จะมีบางประเด็นเล็ก ๆ น้อย ๆ ยังคงอยู่).
• XMLWRAPP:
• ผิดส่วนที่คงที่ในกรณีของการอ้างอิงถึงนิพจน์ XPath ทำงานผล.
• เพิ่มผู้ช่วยเหลือที่จะได้รับ ID สาธารณะระบบ ID และชื่อ DTD สำหรับย่อยภายนอกและภายใน.
• วิธีการเพิ่มการค้นหาคุณลักษณะโหนด.
• การดำเนินการคงที่ของการแสดงออก XPath. ตอนนี้เริ่มจากโหนดที่กำหนด
• คุณลักษณะการค้นหาคงที่ (รวมถึงการเริ่มต้น) เมื่อ namespace ที่มีให้.
• เพิ่มความสามารถในการเรียกใช้นิพจน์ XPath โดยไม่จำเป็นที่จะลงทะเบียน namespaces อย่างชัดเจน.
• ความสามารถที่เพิ่มเข้ามาเพื่อให้ภาชนะในการเก็บรวบรวมข้อผิดพลาดและคำเตือนในขณะที่การแยกเอกสาร.
• เพิ่มความสามารถในการปรับเปลี่ยนค่านิยมและ namespaces ของคุณลักษณะเริ่มต้นโหนด.
• ความสามารถที่เพิ่มเข้ามาเพื่อทดสอบว่าแอตทริบิวต์เป็นค่าเริ่มต้น.
• เพิ่มความสามารถในการแทรกหรือลบคุณลักษณะในขณะที่คำนึงถึง namespaces ของพวกเขา.
• เพิ่มความสามารถในการดึงประกาศ XML เมื่อเอกสารจะถูกบันทึกไว้.
• WindowMasker:
• เพิ่มรูปแบบการป้อนข้อมูลใหม่ & quot; & quot seqids ;; ที่มีรูปแบบการป้อนข้อมูลนี้เข้าเป็นไฟล์ที่มี id ลำดับในแต่ละบรรทัดและขั้นตอนวิธีการใช้ไบโอผู้จัดการวัตถุที่จะมองขึ้นลำดับ.
• เพิ่มคลาสใหม่ CWinMaskConfig, สำหรับการจัดเก็บทุกพารามิเตอร์การตั้งค่า WindowMasker ชั้นสามารถนำมาใช้เพื่อเพิ่มความจำเป็นอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่จะ CArgDescriptions แล้วได้รับการกำหนดค่าพารามิเตอร์จากอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่ง.
• กรอบ BUILD (UNIX):
• การตีความข้อกำหนดบรรทัดคำสั่งของ APP_PROJ หรือ LIB_PROJ เป็นคิวที่จะล้างออกอื่น ๆ * การตั้งค่า _PROJ ไม่ได้นอกจากนี้ยังมี (ต้อง GNU ให้. สร้างด้วยดวงอาทิตย์ทำให้ยังคงทำงานเป็นมาก่อน)
• ซัพพลายเป้าหมายมากขึ้นในไดเรกทอรีย่อย:. * _F (ใช้ makefiles แบนท้องถิ่นผลิตได้ตามต้องการโดยไม่สนใจอ้างอิงในส่วนอื่น ๆ ของต้นไม้) * _fd (ห่อระดับบนสุด Makefile.flat) clean_sources และ purge_sources
• การตั้งค่าคอนฟิกและสคริปต์สะดวก (คอมไพเลอร์ / Unix / * ดวลจุดโทษ.)
• ธงสำคัญใหม่ --without-3psw -. ที่จะไม่ใช้กับซอฟต์แวร์ของบุคคลที่ 3
• เพิ่มการตรวจสอบสำหรับ GLEW.
• การตรวจสอบที่ดีขึ้นสำหรับ Boost และ OpenGL.
• การสนับสนุนการระบุเส้นทางวิ่งดาร์วิน (Mac) ระบบที่มี toolchains ทันสมัย​​.
• BLAST:
• ในดาร์วิน (Mac OS X) สร้างเพียงสำหรับโปรเซสเซอร์ Intel แม้ในสากลอื่นสร้างเนื่องจากข้อ จำกัด toolchain PowerPC.
• เพิ่มการสนับสนุนสำหรับการเรียก NCBI หมายเลขอนุกรมวิธานที่สนับสนุน WindowMasker สามารถใช้ได้.
• อนุญาตให้สเปคของลำดับการสอบถามพร้อมกับหลายแฟ้มลำดับการจัดเรียงใน psiblast.
• ฐานข้อมูลเพิ่มการสนับสนุนยากกำบัง.
• ฐานข้อมูลเพิ่มกำบังนุ่มสำหรับการค้นหาที่แปล.
• เพิ่มการสนับสนุนสำหรับ BTOP (BLAST การดำเนินงาน tr​​aceback) และแบบสอบถามและระยะเวลาในเรื่องนี้ในรายงานตาราง.
• การใช้งานบรรทัดคำสั่ง - ช่วยให้ psiblast กับการค้นหาหลาย -input_type เพิ่มทางเลือกสำหรับ makeblastdb
• อนุญาตให้ใช้ตีดีที่สุดและ XML ในโหมด blast2sequences.
• ผลการดำเนินงานการจัดรูปแบบที่ดีขึ้นสำหรับการค้นหาระยะไกล.
• makembindex สามารถสร้างดัชนี Megablast สวมหน้ากากโดยตรงจากฐานข้อมูลเบื่อหน่ายระเบิดโดยใช้ข้อมูลที่เก็บไว้กำบังในฐานข้อมูล BLAST ซึ่งทำได้โดยการเลือกบรรทัดคำสั่งใหม่ -db_mask เพื่อ makembindex ตัวเลือกที่ยอมรับ id จำนวนเต็มของขั้นตอนวิธีการกรองการสนับสนุนจากฐานข้อมูล BLAST ตัวเลือกเดียวที่สามารถนำมาใช้ร่วมกับ -iformat blastdb.
• ในการช่วยให้ผู้ใช้ในการหารหัสที่เป็นตัวเลขของขั้นตอนวิธีการกรองการสนับสนุนโดยฐานข้อมูล BLAST, -show_filters ธงเป็นที่รู้จัก การใช้ธงกับ blastdb -iformat และฐานข้อมูล BLAST เป็นปัจจัยที่ทำให้เกิด makembindex ออกรายการของขั้นตอนวิธีการกรองที่มีอยู่และออก.
• การประยุกต์ใช้งาน NetCache:
• NetCache ถูกนําไปรวมถึงคุณสมบัติดังต่อไปนี้:
• การจัดการที่ดีขึ้นของพื้นที่ดิสก์;
• การทำงานล็อคน้อยกับ blobs เวอร์ชันถูกนำมาใช้แทน;
• ฟังหลายพอร์ตและการตั้งค่าต่อลูกค้าแตกต่าง.
• NetCache และ API iCache:
• ใช้ uint8 ทุกขนาดหยด.
• อนุญาตให้ดึงหยดบางส่วน.
• แนะนำหยดป้องกันด้วยรหัสผ่าน; รหัสผ่านที่ว่างเปล่าจะถือว่าเป็นรหัสผ่านไม่.
• APIs โหนดช่าง:
• พารามิเตอร์ใหม่สำหรับการยกเลิกโหนดคนงานถ้าใช้หน่วยความจำสูงกว่าขีด จำกัด ที่ระบุ (พารามิเตอร์ & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• พารามิเตอร์ใหม่สำหรับการยกเลิกโหนดคนงานถ้าเวลาทำงานสูงกว่าขีด จำกัด ที่ระบุ (พารามิเตอร์ & quot; total_time_limit & quot;)
.
• การประยุกต์ใช้ตาราง:
• netscheduled
• แก้ไข bug ที่ทำให้เกิดการตอบกลับไปยังคิวคำสั่งลบไม่มี.
• remote_app <​​/ li>
• การตั้งค่าพารามิเตอร์ใหม่ (& quot; tmp_dir & quot;). การควบคุมวิธีการชื่อไดเรกทอรีชั่วคราวที่ถูกสร้างขึ้น - เพื่อลดความยาวของมัน
• บันทึกข้อผิดพลาดในการเขียนหยด.
• netcache_control
• อนุญาตให้ดึงหยดบางส่วน.
• เอาออกคำสั่งใหม่เพื่อลบ blobs โดยรหัสของพวกเขา.
• -auth พารามิเตอร์ใหม่เพื่อระบุสตริงการตรวจสอบการใช้งาน.
• คำสั่งใหม่ -reconf และ -reinit สำหรับการใช้งานโดยผู้ดูแลระบบ NetCache.
• netschedule_control
• เปิดใช้งานโหมดที่เข้ากันเพื่อให้การทำงาน netschedule_control กับโหนดคนงานที่มีอายุมากกว่า.
• cgi2rcgi.cgi
• อย่าสร้างหยด NetCache ว่างเปล่าเป็นตัวยึดสำหรับข้อความความคืบหน้า.
• ข้อผิดพลาดเข้าสู่ระบบกริดที่จะมีการรายงานให้กับผู้ใช้.
• อนุญาตให้ช่องว่างในงาน ID พารามิเตอร์.
• เอาท์พุทสนับสนุนข้อมูลสถานะของงานในรูปแบบ JSON.
• อนุญาตให้ HTML แม่แบบกำหนดเองจะถูกกำหนดไว้สำหรับความผิดพลาด GRID และกิจกรรมอื่น ๆ .
• เพิ่มส่วนหัว HTTP ไม่มีแคชที่จะหลีกเลี่ยงการใช้แคชของผลกลาง.
• ncfetch.cgi
• พารามิเตอร์ใหม่ในการเข้าถึง blobs ป้องกันด้วยรหัสผ่าน.
• ตีความพารามิเตอร์พิเศษ & quot; ชื่อไฟล์ & quot; เป็นชื่อไฟล์สำหรับไฟล์ที่ดาวน์โหลด.

มีอะไรใหม่ ในรุ่น 31 ธันวาคม 2008:

• ข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้จะเพิ่มวิธีการคำนวณคอลัมน์ที่เฉพาะเจาะจง pseudocounts ใน PSI ระเบิด.
• มัน refactors ตารางห้องสมุดบริการ.
• จะเพิ่มกรอบทดสอบหน่วยและบันทึกข้อผิดพลาดสำหรับทุกชั้นเรียน API ไฟล์.
• มันแก้สนับสนุน pthread ใน IRIX มันช่วยเพิ่มการสนับสนุนของอนุกรม XML.
• จะแก้ไขการสนับสนุนสำหรับ Sybase.
• มันเพิ่มการสนับสนุนสำหรับตารางการค้นหาที่มีขนาดเล็กสำหรับการค้นหาขนาดเล็ก.
• จะเพิ่ม API เพื่อดึงสถิติ GenBank รถตัก.
• มันมีสารพันปรับปรุงอื่น ๆ speedups และ bugfixes.