ปลาบู่เป็น API หลามสำหรับการอ่านไฟล์ข้อมูลไบนารีสร้างขึ้นโดยใช้ปลาบู่ถัดไป gen กรอบการจัดการข้อมูล
โดยปกติในไดเรกทอรีนี้มาเป็นส่วนหนึ่งของแพคเกจปลาบู่ที่สมบูรณ์พร้อมใช้งานจาก:
& nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
แพคเกจที่สมบูรณ์รวมถึงแหล่งที่มาของรหัส Java ถ้าคุณดาวน์โหลดแพคเกจนี้จาก PyPI หรืออื่น ๆ บางแหล่งหลามเฉพาะที่คุณอาจจะได้รับเพียงส่วนหนึ่งของรหัสหลาม
การพัฒนาคำเตือน
ห้องสมุดหลามปลาบู่จะไม่เป็นผู้ใหญ่ในขณะที่การใช้ Java มันอาจจะเป็นรถที่มากขึ้นและไม่ได้มีวัตถุประสงค์ที่จะให้ชุดของคุณสมบัติที่พบใน Java รุ่น
การติดตั้ง:
& nbsp; 1 ให้แน่ใจว่าคุณมีงูหลาม 2.5 หรือใหม่กว่า หากมีข้อสงสัยทำงาน:
หลาม -V
& nbsp; 2 ดาวน์โหลดและติดตั้งแพคเกจหลามจำเป็น:
& nbsp; 1 พิธีสารบัฟเฟอร์
& nbsp; จำหน่ายจาก http://code.google.com/p/protobuf/ หรือ PyPI
& nbsp;
2. pyjavaproperties - เปลี่ยนหลามสำหรับ java.util.Properties
& nbsp; จำหน่ายจาก http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& nbsp; 3 ติดตั้งแพคเกปลาบู่:
หลาม setup.py ติดตั้ง
& nbsp; ขั้นตอนนี้จำเป็นต้องมีสิทธิพิเศษ superuser
การใช้งาน:
สคริปต์ตัวอย่างมีไว้เพื่อแสดงให้เห็นถึงวิธีการเข้าถึงเนื้อหาของไฟล์ที่ปลาบู่ในหลาม
& nbsp; * นี่คือวิธีการสแกนไฟล์การจัดตำแหน่งปลาบู่:
& nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(basename.entries ไฟล์และต้องออกจาก basename.header.)
& nbsp; * คำสั่งต่อไปจะพิมพ์เนื้อหาของไฟล์การจัดตำแหน่งเป็นข้อความ:
GobyAlignmentToText.py basename
& nbsp; * คำสั่งต่อไปจะแปลงขนาดกะทัดรัดอ่านไฟล์ไปยังรูปแบบ Fasta:
GobyCompactToFasta.py file.compact-อ่าน
& nbsp; * คำสั่งต่อไปจะพิมพ์สถิติเกี่ยวกับเนื้อหาของขนาดกะทัดรัดอ่านไฟล์:
GobyReadsStats.py file.compact-อ่าน
ต้องการ
- หลาม
ความคิดเห็นที่ไม่พบ