Staden แพคเกจเป็นชุดการพัฒนาอย่างเต็มที่ในการชุมนุมลำดับดีเอ็นเอ (Gap4) การแก้ไขและเครื่องมือในการวิเคราะห์ (ปั่น) สำหรับ Unix, Linux, MacOSX และ MS Windows
ที่ด้านหน้า Gap4 มีได้หลายผู้เยาว์ที่เกี่ยวข้องเข้าร่วม
การปรับปรุงในวิธีการที่คะแนนมันร่วมในการค้นหาภายในร่วมและ
การทำงานของปุ่มจัดในเข้าร่วมกับบรรณาธิการ
นอกจากนี้ผลการ gap4 การเปลี่ยนแปลงต่างๆเพื่อ io_lib (
ห้องสมุดสำหรับ I / O ทั้งหมดให้เป็นรูปแบบไฟล์ร่องรอยต่างๆ) ด้วยการเพิ่ม
โปรแกรม hash_exp ใหม่ตอนนี้ช่วยให้ไฟล์ที่จะทดลอง
ตัดแบ่งร่วมกันและการจัดทำดัชนี รายชื่อไฟล์การทดลอง
ควรจะมาสไตล์การ gap4 แต่ให้สภาพแวดล้อม EXP_PATH
ตัวแปรที่ได้รับการจัดตั้งอย่างถูกต้อง gap4 จะสามารถดึงข้อมูลของแต่ละบุคคล
ลำดับจากการทดลองการตัดแบ่งไฟล์
เก็บ การปรับปรุงส่วนติดต่อผู้ใช้สำหรับเรื่องนี้ยังคงต้อง
ทำ
454 เอสเอฟที่เก็บอยู่ในขณะนี้ได้รับการสนับสนุนที่ดีขึ้น defsult 454 ดัชนี
ตอนนี้ทำงานแม้ว่าโปรแกรม hash_sff สามารถนำมาใช้เพื่อให้
กลยุทธ์การจัดทำดัชนีทางเลือกที่ (อาจจะเร็วขึ้นในบางกรณี)
Gap4 เทรฟและยังมีรูปแบบการแสดงร่องรอยอื่นสำหรับร่องรอยที่
มี 1 ตัวอย่างสแกน (ช่อง x4) ต่อสายฐาน ในกรณีนี้ก็สามารถ
ยังวาด 4 ค่าความเชื่อมั่นของแทน 1 ต่อฐาน ความสามารถเหล่านี้
จะช่วยให้บูรณาการที่ดีขึ้นของ Solexa ร่องรอยเมื่อมากขึ้นอย่างรวดเร็ว
ที่มีอยู่
พลัสแน่นอนผสมตามปกติของการแก้ไขข้อบกพร่องและปรับแต่งเล็กน้อย ดู
บันทึกการเปลี่ยนแปลงรายละเอียดเต็มรูปแบบ (ผ่านเว็บไซต์ SourceForge)
การเปลี่ยนแปลงที่โดดเด่นอื่น ๆ
Gap4
ความคิดเห็นที่ไม่พบ