เปิดบาเบลเป็นโอเพนซอร์สการทำงานร่วมกัน, ซอฟแวร์ห้องสมุดฟรีและหลากหลายที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อทำหน้าที่เป็นกล่องวิศวกรรมเคมีพิเศษที่จะรับรู้หลายภาษาของข้อมูลสารเคมี มันเป็นเพียงแค่การขนานนามว่า & ldquo; เปิดเคมี Toolkit & rdquo;. คุณสมบัติที่ glanceWith เปิดบาเบล, ผู้ใช้จะสามารถค้นหาวิเคราะห์แปลงและจัดเก็บข้อมูลจากเคมี, การสร้างแบบจำลองโมเลกุลชีวเคมีเช่นเดียวกับพื้นที่อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง มันสนับสนุนความหลากหลายของรูปแบบไฟล์เคมีทั่วไปรวมถึง Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, รอยยิ้มและ CML
นอกจากนี้ยังเปิดให้บาเบลชุดเครื่องมือเขียนโปรแกรมที่โดดเด่นเต็มของสารเคมีการสนับสนุนไมม์กึ๋นจับคู่, อะตอมที่มีความยืดหยุ่น / typer พันธบัตรลบไฮโดรเจนและนอกจากนี้ bitvector คลาสเมทริกซ์และการแปลงเวกเตอร์เช่นเดียวกับการทดสอบโมเลกุล suite.Under และเครื่องดูดควัน การสนับสนุนการดำเนินงาน systemsOpen บาเบลเขียนทั้งหมดในโปรแกรมภาษา C ++ มัน & rsquo; Sa จริงซอฟต์แวร์ข้ามแพลตฟอร์มที่สนับสนุน GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows และ Mac OS X ระบบปฏิบัติการ ทั้งแบบ 32 บิตและ 64 บิตคอมพิวเตอร์ได้รับการสนับสนุนอย่างเป็นทางการในเวลาของการเขียน this.Getting เริ่มต้นด้วยการเปิด BabelFirst ของทั้งหมดที่เราขอแนะนำให้คุณติดตั้งเปิดบาเบลโดยใช้แพคเกจไบนารีที่สร้างไว้ล่วงหน้าจากที่เก็บซอฟแวร์เริ่มต้นของคุณ การกระจาย Linux หากระบบ GNU / Linux ของคุณ doesn & rsquo; t มีซอฟแวร์เปิดบาเบลใน Repos ของมันแล้วคุณ rsquo; จะมีการรวบรวมและการติดตั้งแอพลิเคชันที่ใช้ในการเก็บถาวรแหล่งสากลที่มีให้ใน Softoware
ดาวน์โหลด tarball (เก็บ tar.gz), สารสกัดจากมันสถานที่ตั้งของทางเลือกของคุณเปิดจำลอง terminal, นำทางไปยังโฟลเดอร์สกัดและดำเนินการ & ldquo;. CMake & rdquo; คำสั่ง (ไม่ทราบราคา) เพื่อกำหนดค่าโครงการ จากนั้นคุณต้องเรียกใช้ & ldquo; ทำให้งาน & rdquo; คำสั่งโดยไม่มีคำพูดของหลักสูตรที่จะรวบรวมมัน โปรดตรวจสอบว่าเครื่องมือ CMake ในการติดตั้งบนระบบปฏิบัติการของคุณก่อนที่จะมีคำแนะนำข้างต้น
มีอะไรใหม่ ในข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้.
- ข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้แสดงให้เห็นถึงข้อผิดพลาดแก้ไขปล่อยที่สำคัญและควรจะมีการปรับรุ่นที่มีเสถียรภาพขอแนะนำสำหรับผู้ใช้ทั้งหมดของ Open บาเบล ข้อบกพร่องจำนวนมากและได้รับการปรับปรุงเพิ่มขึ้นในปีที่ผ่านมานับตั้งแต่การเปิดตัว 2.3.0.
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 2.2.2:
- ข่าวประชาสัมพันธ์ฉบับนี้แสดงให้เห็นถึงการเปิดตัวการแก้ไขข้อผิดพลาดที่สำคัญและ เป็นรุ่นที่มีเสถียรภาพขอแนะนำสำหรับผู้ใช้ทั้งหมดของ Open บาเบล ในขณะที่อาจจะไม่มีคุณสมบัติใหม่ ๆ จำนวนมากเกิดปัญหาและข้อบกพร่องอื่น ๆ ได้รับการแก้ไขตั้งแต่ 2.2.1.
- การอัพเกรดใหม่ Inchi 1.02 เปิดตัวในการผลิต Inchi มาตรฐานและเอาท์พุท InChIKey.
- คงที่ข้อผิดพลาดหลายสเตอริโอเมื่ออ่าน / เขียน SMILES นี้เป็นส่วนหนึ่งของโครงการขนาดใหญ่ซึ่งจะแล้วเสร็จใน 2.3 ปล่อย.
- รวบรวมคงที่และการติดตั้งบน Cygwin และแพลตฟอร์ม MinGW.
- ดีขึ้นอย่างมีนัยสำคัญเป็น aromatic และการโอนพันธบัตร Kekule.
- 2D ที่ดีขึ้น - & gt; ประสานงาน 3D รุ่น
- การปรับปรุงการประสานงานรุ่นที่ใช้การดำเนินการ --gen3d บรรทัดคำสั่ง
- ปรับปรุงประสิทธิภาพสำหรับการประสานงานรุ่น.
- การดำเนินงานบรรทัดคำสั่งใหม่ --fillUC สำหรับบาเบล.
- แก้ไขการเพิ่มไฮโดรเจนขึ้นอยู่กับค่า pH.
- เพิ่มการสนับสนุนสำหรับการอ่านข้อมูลจากการสั่น Molden, Molpro และ NWChem ไฟล์ที่ส่งออก.
- Updated รัศมีอะตอมจากการคำนวณทางทฤษฎีเมื่อเร็ว ๆ นี้.
- ข้อผิดพลาดคงที่เมื่ออ่าน Mol2 gzip บีบอัดหรือไฟล์ XML.
- ไฟล์ปิดหลังจากข้อผิดพลาด แก้ไขข้อผิดพลาดที่มี Pybel ที่ไฟล์จะยังคงเปิด.
- อื่น ๆ อีกมากมายการแก้ไขข้อบกพร่องและการปรับปรุงคุณลักษณะขนาดเล็ก == รูปแบบไฟล์ใหม่ == นำเข้าและส่งออก:
- อินพุทและเอาท์พุ Molpro.
- VASP ประสานไฟล์ (CONTCAR และ POSCAR).
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 2.2.1:
- อินเตอร์เฟซการเขียนสคริปต์ที่ดีขึ้นรวมทั้งงูหลาม 3 การสนับสนุนและปรับปรุงให้ดีขึ้น Java และ C # สนับสนุน.
- เพิ่มการสนับสนุนสำหรับลายนิ้วมือ MACCS ขอบคุณที่โครงการ RDKit.
- การแก้ไขจำนวนมากและการปรับปรุงรหัสสนามพลัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการดำเนินงานสนามพลัง UFF ควรจะจัดการกับโมเลกุลอื่น ๆ อีกมากมาย.
- ประสานงาน 3 มิติรุ่นที่ดีขึ้นโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับเศษแหวน คุณสามารถให้นี้ลองกับยูทิลิตี้ obgen.
- คงที่ข้อผิดพลาดต่างๆนำเข้า PDB กับประเภทอะตอม.
- เพิ่มการสนับสนุนค่าใช้จ่ายสำหรับการอ่านและรัศมีจากรูปแบบไฟล์ PQR.
- เพิ่มการสนับสนุนสำหรับการอ่านและการเขียนเซลล์หน่วยในรูปแบบ PDB.
- ใหม่ & quot; ส่งออก & quot; รูปแบบไฟล์สำหรับการถ่ายทั่วไป & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, และ & quot; .dat & quot; ไฟล์และการอ่านกับประเภทของไฟล์ที่เหมาะสมขึ้นอยู่กับเนื้อหา ปัจจุบันทำงานได้ดีมากสำหรับแพคเกจเคมีควอนตัม.
- เพิ่มจัดการข้อผิดพลาดที่ดีขึ้นและการรายงานเมื่อไม่สามารถโหลดรูปแบบไฟล์.
- ปรับปรุงการสนับสนุนรูปแบบไฟล์ CIF.
- หลายหลายแก้ไขข้อผิดพลาดหลายเพิ่มเติมและการปรับปรุงขนาดเล็ก.
ความคิดเห็นที่ไม่พบ