Jmol เป็นซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สข้ามแพลตฟอร์มและซอฟต์แวร์กราฟิกฟรีที่ออกแบบมาเพื่อทำหน้าที่เป็นตัวแสดงระดับโมเลกุลสำหรับโครงสร้างทางเคมี 3D ทำงานในโหมดสแตนด์อโลนสี่แบบเป็นเว็บแอปพลิเคชัน HTML5 โปรแกรม Java แอพเพล็ต Java และส่วนประกอบด้านเซิร์ฟเวอร์แบบหัวกระสุน
Feaures ได้อย่างรวดเร็ว
คุณลักษณะสำคัญ ๆ ได้แก่ การสนับสนุนการแสดงภาพ 3 มิติที่มีประสิทธิภาพสูงโดยไม่ต้องใช้ฮาร์ดแวร์ระดับไฮเอนด์ใด ๆ ส่งออกไฟล์ไปยังรูปแบบ JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ และ POV-Ray รองรับหน่วยพื้นฐานเซลล์ RasMol และ Chime ภาษาสคริปต์รวมทั้งไลบรารี JavaScript
นอกจากนี้ซอฟต์แวร์ยังรองรับภาพเคลื่อนไหวพื้นผิวการสั่นสะเทือน orbitals การวัดการสมมาตรและการดำเนินการของเซลล์หน่วยและรูปทรงของแผนผัง
รูปแบบไฟล์ที่สนับสนุน
ขณะนี้แอปพลิเคชันสนับสนุนรูปแบบไฟล์ที่หลากหลายซึ่งในส่วนนี้เราสามารถพูดถึง MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO และ MOPAC
นอกจากนี้ยังได้รับการสนับสนุน CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMo, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR และ JME .
รองรับเว็บเบราเซอร์ที่สำคัญทั้งหมด
ซอฟต์แวร์ได้รับการทดสอบเรียบร้อยแล้วกับเว็บเบราเซอร์หลัก ๆ รวมทั้ง Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera และ Safari แอปพลิเคชันเบราว์เซอร์ดังกล่าวได้รับการทดสอบในระบบปฏิบัติการหลักทั้งหมดแล้ว (ดูส่วนถัดไปเพื่อสนับสนุน OSes)
สนับสนุนระบบปฏิบัติการหลักทั้งหมด
การเขียนในภาษาการเขียนโปรแกรม Java Jmol เป็นแอ็พพลิเคชันที่ไม่ขึ้นกับแพลตฟอร์มที่ออกแบบมาเพื่อสนับสนุนการกระจาย GNU / Linux ระบบปฏิบัติการ Microsoft Windows และ Mac OS X และระบบปฏิบัติการอื่น ๆ ที่มีการติดตั้ง Java Runtime Environment
มีอะไรใหม่ ในรุ่นนี้:
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการค้นหาโค้ดแทรก - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]
- แก้ไขข้อบกพร่อง: Jmol SMILES ไม่อนุญาตให้มีการแทรก - ค้นหาโค้ด - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- แก้ไขข้อบกพร่อง: อะตอมของชุดคำอธิบายประกอบ ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้ปรับสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบอะตอม ไม่ได้ปรับเปลี่ยนสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้ปรับค่าสำหรับไฮโดรเจนที่เพิ่มขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้รับการปรับเพื่อเพิ่ม ไฮโดรเจน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ชุดคำอธิบายประกอบไม่ได้รับการปรับเพื่อเพิ่ม ไฮโดรเจน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: 14.3.3_2014.08.02 อ่านผู้อ่าน mmCIF ผิดพลาด
- แก้ไขข้อผิดพลาด: การอ่าน BinaryDocument (ไฟล์สปาร์ตัน) เสียใน 14.1.12_2014.03.18
- คุณลักษณะใหม่ - ตั้งค่า cartoonRibose:
- ดึงมาจากวงแหวนที่มีริ้วรอย
- เชื่อมต่อผ่าน C4'-C5'-O5'-P อย่างชัดเจน
- แสดง C3'-O3 'สำหรับการอ้างอิง
- ปิดใช้งาน cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
- ปิดใช้งานโดย SET cartoonBaseEdges ON
- แนะนำโดย Rick Spinney รัฐโอไฮโอ
- คุณลักษณะใหม่: กรอบเคลื่อนไหว [a, b, c, d] ทำงานร่วมกับตัวเลขเชิงลบเพื่อระบุช่วง:
- กรอบภาพเคลื่อนไหว [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
- อ่านว่า "1 ถึง 5 แล้ว 10 ถึง 6"
- คุณลักษณะใหม่: โปรแกรมอ่านไฟล์ Tinker (และการอัปเกรดผู้อ่าน FoldingXYZ):
- สามารถใช้ Tinker :: ได้ แต่ต้องใช้เฉพาะเมื่อบรรทัดแรกมีเพียง atomCount
- รองรับรูปแบบ Tinker เก่า ๆ ที่มีอะตอม n-1 สำหรับ atomCount
- ช่วยให้มี trajectories และหมายเลขรุ่นที่ต้องการ
- คุณลักษณะใหม่: กรอบภาพเคลื่อนไหว (จริง 13.1 แต่ไม่มีเอกสาร) [51 50 49 48 47 46 45 (ฯลฯ ) 27 1 2 3 4 5 6 7 (ฯลฯ ) .... ]
- คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; ทั้งหมด & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot; & quot; ดีที่สุด & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
- คุณลักษณะใหม่ - x = เปรียบเทียบ ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
- สร้างรายการความสัมพันธ์หนึ่งหรือหลายรายการขึ้นอยู่กับ SMILES ที่ไม่เป็นอันตราย
- เลือกอะตอมฮาร์ต
- สร้างการแมปอะตอมที่เป็นไปได้ทั้งหมดได้
- ส่งกลับค่า int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ... ]
- ที่ใดและ bn คือดัชนีหรือรายการของอะตอมที่เป็นจำนวนเต็มเมื่อ & quot; ทั้งหมด & quot; ตัวเลือกถูกเลือกไว้
- ข้อมูลต่อไปนี้จะสร้างแผนที่ความสัมพันธ์อะตอมหนึ่งสำหรับโครงสร้างสองโครงสร้าง ได้แก่ อะตอมไฮโดรเจน: โหลดไฟล์ & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = เปรียบเทียบ ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; H & quot;)
- ต่อไปนี้เปรียบเทียบรูปแบบของคาเฟอีนจาก NCI กับ PubChem:
- โหลดคาเฟอีน $ โหลดส่วนท้าย: คาเฟอีน * เฟรม
- เลือก 2.1; label% [atomIndex]
- เปรียบเทียบ {1.1} {2.1} SMILES หมุนเวียนแปล
- x = compare ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; bestH & quot;)
- สำหรับ (a ใน x) {a1 = a [1]; a2 = a [2] เลือก atomindex = a1; label @ a2}
- คุณลักษณะใหม่: เปรียบเทียบ {model1} {model2} SMILES:
- ไม่จำเป็นต้องให้ SMILES; Jmol สามารถสร้างได้จาก {model1}
- คุณลักษณะใหม่: x = {*} ค้นหา (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
- สร้าง SMILES ที่มีอะตอม H อย่างชัดเจน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: โครงสร้างย่อย () ใช้ SMILES แทน SMARTS ดังนั้นโครงสร้างแบบเต็มเท่านั้น
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การดักจับข้อผิดพลาดที่ดีขึ้นและข้อความในวิธีการที่เกี่ยวข้องกับ SMILES
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ทำให้การค้นพบเส้นทางเว็บไปยัง Jmol.jar และ jsmol.zip ทำได้ดีขึ้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: getProperty extractModel ไม่เคารพเซตย่อย
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ตั้งค่า pdbGetHeader TRUE ไม่สามารถจับภาพ REMARK3 REMARK290 REMARK350
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: getProperty (& quot; JSON & quot;, .... ) ควรตัดค่าใน {value: ... }
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ความโปร่งแสงแบบถาวรของ MO ที่หักใน 11.x
- แก้ไขข้อบกพร่อง: แสดงเมนู MENU เขียน MENU โหลด MENU ทั้งหมดเสียใน 12.2
- แก้ไขข้อบกพร่อง: {*} [n] ควรว่างเปล่าหาก nAtoms
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: 14.0.6 fatally bugged - unitcell และ echo rendering, getProperty
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ความโปร่งแสงของ LCAOCartoon หัก
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: กระดูกสันหลังโปร่งแสงหัก
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ผู้อ่าน pqr, p2n เสีย
- การแก้ไขข้อผิดพลาด: คุณสมบัติแผนที่ isosurface xxx อาจล้มเหลวหากพื้นผิวเป็นส่วนที่ (อย่างใด) มีจุดที่ไม่เกี่ยวข้องกับอะตอมที่อยู่ภายใต้
- แก้ไขข้อบกพร่อง: LCAOCartoon translucency broken
- แก้ไขข้อบกพร่อง: กระดูกสันหลังโปร่งแสงหัก
- แก้ไขข้อบกพร่อง: pqr, p2n readers broken
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: คุณสมบัติแผนที่ isosurface xxx สามารถล้มเหลวได้หากพื้นผิวเป็นส่วนที่ (อย่างใด) มีจุดที่ไม่เกี่ยวข้องกับอะตอมที่อยู่ภายใต้
- แก้ไขข้อบกพร่อง: จรวดหัก
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: PDB byChain, bySymop ไม่ได้รับการสนับสนุน
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การมอดูเลชั่นไม่แยกความแตกต่างระหว่าง q และ t;
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การวัดแบบปรับเปลี่ยนไม่ทำงาน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ข้ามค่าปริยาย default default & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface แผนที่วงโคจรของอะตอมล้มเหลว
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การแสดงการสั่นของการมอดูเลตที่มีระยะทางไม่อัปเดต
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การสั่นสะเทือนทำให้เกิดคำเตือนที่ไม่จำเป็นในคอนโซล
- แก้ไขข้อบกพร่อง: วาด symop หัก
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: array.mul (matrix3f) ล่ม Jmol
- แก้ไขข้อบกพร่อง: เลือก symop = 1555 เสีย
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การเลือกชุดลากเลือกไม่ทำงาน
- รหัส: refactored CifReader, แยกออกจาก MMCifReader และรหัส MSCifReader: การเปลี่ยนชื่อ / การจัดโครงสร้างใหม่ของวิธีการใน SV
- รหัส: เพิ่มส่วนติดต่อ javajs.api.JSONEncodable
- การใช้งานที่ง่ายสุดใน org.jmol.script.SV
- อนุญาตให้ใช้ javajs เพื่อนำเสนอผลการค้นหา JSON ที่กำหนดเอง
- คุณลักษณะใหม่: JavaScript: Jsmol api Jmol.evaluateVar (applet, expression):
- ดีกว่า Jmol.evaluate เนื่องจากผลลัพธ์เป็นตัวแปร JavaScript ไม่ใช่สตริง
- ไม่ยอมรับ Jsmol api Jmol.evaluate (แอพเพล็ตนิพจน์)
- คุณลักษณะใหม่: getProperty (& quot; JSON & quot ;, .... ):
- ส่งคืนรหัส JSON สำหรับพร็อพเพอร์ตี้
- อนุญาตให้ใช้ JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot; & quot; นิพจน์บางส่วน & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: getProperty variableInfo:
- อนุญาตการเรียกค้นตัวแปรในรูปแบบ Java หรือ JSON
- ประเมินการแสดงออก
- ค่าเริ่มต้นเป็น & quot; ทั้งหมด & quot;
- คุณลักษณะใหม่: ปรับความถี่ได้โดย q และ t ถึง d = 3:
- การปรับ / ปิด (อะตอมทั้งหมด)
- moduation {atom set} เปิด / ปิด
- modulation int q-offset
- การปรับค่า x.x t-offset
- การมอดูเลต {t1 t2 t3}
- การปรับ {q1 q2 q3} TRUE
- คุณลักษณะใหม่: selectedList:
- สั่งอาร์เรย์ของอะตอมที่เลือกเมื่อเร็ว ๆ นี้
- สามารถใช้ได้เช่นเดียวกับตัวแปร PICKED แต่จะเรียงตามลำดับไม่ใช่ชั่วคราว
- การดับเบิลคลิกที่โครงสร้างจะล้างรายการ
- @ {pickedList} [0] อะลูมิเนียมที่หยิบล่าสุด
- @ {pickedList} [- 1] อะตอมต่อไปครั้งสุดท้ายที่หยิบ
- @ {pickedList} [- 1] [0] สองอะตอมที่หยิบขึ้นมาล่าสุด
- คุณลักษณะใหม่: array.pop (), array.push () - คล้ายกับ JavaScript
- คุณลักษณะใหม่: การปรับอัตราส่วน x.x
- คุณลักษณะใหม่: คำอธิบายภาพ & quot; xxxxx & quot; x.x - จำนวนวินาทีที่จะเรียกใช้
- คุณลักษณะใหม่: modulation 0.2 // ตั้งค่า t-value
- คุณลักษณะใหม่: array.pop (), array.push (x)
- a = []; a.push (& quot; testing & quot;) พิมพ์ a.pop ()
- คุณลักษณะใหม่: เลือกเปิด / ปิดชุดอะตอม:
- เปิดหรือปิดกล้องการเลือกเช่นเดียวกับการเลือก
- สะดวก เท่านั้น
- คุณลักษณะใหม่: pt1.mul3 (pt2):
- ส่งกลับค่า {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
- ถ้าทั้งสองไม่ใช่จุดให้กลับไปเป็นคูณแบบง่าย
- reature ใหม่: array.mul3 (pt2) - ใช้ mul3 กับองค์ประกอบทั้งหมดของอาร์เรย์
- คุณลักษณะใหม่: {atomset} .modulation (type, t):
- มอบ P3 (การมอดูเลตการเคลื่อนย้าย)
- ใช้งานได้เฉพาะกับ type = & quot; D & quot; (อุปกรณ์เสริม)
- ไม่จำเป็น t คือ 0 โดยค่าเริ่มต้น
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การปรับไม่แยกระหว่าง q และ t;
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การวัดแบบปรับเปลี่ยนไม่ทำงาน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ข้ามค่าปริยาย default default & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface แผนที่วงโคจรของอะตอมล้มเหลว
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การแสดงการสั่นของการมอดูเลตที่มีระยะทางไม่อัปเดต
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การสั่นสะเทือนทำให้เกิดคำเตือนที่ไม่จำเป็นในคอนโซล
- แก้ไขข้อบกพร่อง: วาด symop หัก
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: array.mul (matrix3f) ล่ม Jmol
- แก้ไขข้อบกพร่อง: เลือก symop = แก้ไขข้อบกพร่องของ 1555: ตั้งค่าการเลือก dragSelected not working
- รหัส: refactored CifReader แยกออกจาก MMCifReader และ MSCifReader
- รหัส: การเปลี่ยนชื่อ / การจัดโครงสร้างใหม่ของวิธีการใน SV
- รหัส: เพิ่มส่วนติดต่อ javajs.api.JSONEncodable:
- การใช้งานที่ง่ายสุดใน org.jmol.script.SV
- อนุญาตให้ใช้ javajs เพื่อนำเสนอผลการค้นหา JSON ที่กำหนดเอง
- คุณลักษณะใหม่: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (ค่าเริ่มต้น 55)
- คุณลักษณะใหม่: โหลด () เช่นเดียวกับในการพิมพ์ (& quot; xxx & quot;) การอ่านไฟล์ในเครื่องที่ จำกัด ในแอพเพล็ต:
- ไม่มีไฟล์ไดเรกทอรีราก
- ไม่มีไฟล์ที่ไม่มีส่วนขยาย
- ไม่มีไฟล์ที่มี & quot; /.& quot; ในเส้นทาง
- คุณลักษณะใหม่: ไฟล์ JAR ที่ลงชื่อเข้าใช้อย่างปลอดภัย
- คุณลักษณะใหม่: ไฟล์ JAR ของแอพเพล็ตประกอบด้วย JNLPs (Java Network Launch Protocols) สำหรับการโหลดไฟล์ภายในเครื่อง
- คุณลักษณะใหม่: ตัวเลือก URL ของ JSmol _USE = _JAR = _J2S = แทนที่ข้อมูลข้อมูล
- คุณลักษณะใหม่: (มี แต่ไม่มีเอกสาร) print quaternion ([array of quaternions]) - ส่งกลับทรงกลมหมายถึง la Buss และ Fillmore
- คุณลักษณะใหม่: พิมพ์ quaternion ([array of quaternions], true):
- ให้ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานสำหรับรูปทรงกลมหมายถึง a la Buss และ Fillmore
- หน่วยเป็นองศาเชิงมุม
- คุณลักษณะใหม่ - ค่าโมดูลัสที่ชื่อว่าสี่เหลี่ยมผืนผ้า:
- พิมพ์ quaternion (1,0,0,0)% & quot; เมตริกซ์ & quot;
- ตัวเลือกรวมถึง w x y z ปกติ eulerzxz eulerzyz เวกเตอร์ theta แกน ax axich axisz แกนแกนเมทริกซ์
- คุณลักษณะ ew - ตั้งค่า celShadingPower:
- ตั้งค่าความเข้มของการแรเงา cel
- ค่าจำนวนเต็ม
- ค่าเริ่มต้น 10 เป็นเส้นหนา
- 5 เป็นเส้นละเอียด
- หมุน 0 องศาเซลเซียสปิด
- ค่าลบลบการแรเงาภายใน - เค้าร่างเท่านั้น
- ทำงานบนพิกเซลโดยอิงตามแหล่งกำเนิดแสงปกติ (power & gt; 0) หรือผู้ใช้ (power & lt; 0)
- ตั้งค่าสีให้เป็นสีพื้นหลัง (สีดำหรือสีขาว) เมื่อ normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
- คุณลักษณะใหม่: รายงานการอ่าน mmcIF _citation.title ในคอนโซลสคริปต์ Jmol
- คุณลักษณะใหม่: ลด SELECT {atomset} ONLY - ตัวเลือกเดียวจะไม่รวมอะตอมอื่น ๆ
- คุณลักษณะใหม่: ย่อเล็กสุด {atomset} - SELECT โดยไม่ได้ตั้งใจและเฉพาะ
- คุณลักษณะใหม่ - & quot; ส่วนขยาย & quot; ไดเรกทอรีใน JSmol สำหรับการสนับสนุน JS และสคริปต์ SPT:
- jsmol / js / ต่อ
- jsmol / SPT / ต่อ
- คุณลักษณะใหม่: โหลด ... ตัวกรอง & quot; ADDHYDROGENS & quot; - ตั้งค่า pdbAddHydrogens ภายในเครื่องเฉพาะสำหรับคำสั่ง load
- คุณลักษณะใหม่: เปรียบเทียบ {1.1} {2.1} SMILS BONDS
- คุณลักษณะใหม่: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: เขียน JSON xxx.json
- คุณลักษณะใหม่: [# 210] ผู้อ่าน JSON {& quot; mol & quot;: ... }
- คุณลักษณะ ew - ตั้งค่า particleRadius:
- รัศมีทั่วโลกสำหรับอะตอมที่มีค่ารัศมีสูงสุด (16.0)
- ค่าเริ่มต้นเป็น 20.0
- คุณลักษณะใหม่ - ตัวกรอง CIF และ PDB & quot; BYCHAIN & quot; และ & quot; BYSYMOP & quot; สำหรับอนุภาคไวรัส:
- สร้างอะตอมหนึ่งอันต่อห่วงโซ่หรือต่อ symop
- ขนาดสามารถปรับขนาดได้มากกว่า 16 แอ็คเซสโซมที่ใช้ตัวอย่างเช่น
- ตั้งค่า particleRadius 30;
- spacefill 30; // จำนวนที่เกิน 16 ที่นี่ใช้ particleRadius แทน
- คุณลักษณะใหม่: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
- คุณลักษณะใหม่: ฟังก์ชัน symop () ช่วยให้สามารถตรวจจับสมมาตรจากตัวกรองชีวโมเลกุลสำหรับ PDB และ mmCIF
- คุณลักษณะใหม่ - isosurface SYMMETRY:
- ใช้ตัวดำเนินการสมมาตรกับ isosurface
- การแสดงผลและการสร้างที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น
- การเลือกเริ่มต้นคือ {symop = 1} เท่านั้น
- สีที่เป็นค่าเริ่มต้นคือสีโดย symop ตาม propertiesColorScheme
- ตัวอย่างเช่น
- โหลดตัวกรอง 1stp & quot; biomolecule 1 & quot;
- พร็อพเพอร์ตี้คุณสมบัติสี
- isosurface sa resolution 0.8 สมมาตร sasurface 0
- คุณลักษณะใหม่ - คุณสมบัติ atom ใหม่: chainNo:
- ตามลำดับจาก 1 สำหรับแต่ละรูปแบบ
- chainNo == 0 หมายถึง & quot; ไม่มีโซ่ & quot; หรือโซ่ = ''
- คุณลักษณะใหม่ - คุณสมบัติใหม่ColorScheme & quot; friendly & quot;:
- เฉดสีที่เป็นมิตรกับคนตาบอด
- ใช้ที่ RCSD
- คุณลักษณะใหม่: JSpecView ปราศจาก Java; รวมการพิมพ์แบบ 2D nmr และ PDF ของสเปกตรัม
- คุณลักษณะใหม่ - เขียน PDF & quot; xxx.pdf & quot; คุณภาพ & gt; โหมดแนวนอน 1 รายการ:
- ใช้คลาสการสร้าง PDF ที่กำหนดเองที่มีประสิทธิภาพ
- ปรับขนาดรูปภาพให้พอดีถ้าใหญ่เกินไป
- คุณลักษณะใหม่: JSpecView เพิ่ม PDF และ 2D NMR สำหรับ JavaScript
- คุณลักษณะใหม่: โหลด & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - โหลดส่วนประกอบของสารเคมีจาก PDB โดยใช้ "nonideal & quot; ชุดพิกัด
- แก้ไขข้อบกพร่อง: เขียนซีดีออก ChemDoodle ได้เปลี่ยนรูปแบบแล้ว ใช้ JSON แทน
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ไฟล์ PDB และ CIF ระบุส่วนประกอบเช่น PAU เป็นจำนวนลบ ใหญ่
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: เปรียบเทียบกับการหมุนไม่มีการเริ่มลูปไม่มีที่สิ้นสุด
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ลูปปัญหาด้วยความล่าช้า (-1)
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การล้อเลื่อนเมาส์สำหรับ Chrome ใน JavaScript
- แก้ไขข้อบกพร่อง: JavaScript popup menu fix for language changes
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: องค์ประกอบหลักของ JavaScript ไม่ได้รับการประมวลผล ไม่รู้จัก Jmol._debugCode
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การชดเชยหน่วยของหน่วย bioclelecules ไม่ถูกต้อง ต้นกำเนิดไม่ถูกต้องสำหรับแกน
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: isosurface / mo FRONTONLY broken
- แก้ไขข้อบกพร่อง: การแปลภาษาใน JavaScript
- แก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่าน ADF ไม่อ่านข้อมูล MO จาก DIRAC Build 201304052106
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: Safari รายงานข้อมูล Jmol สีเหลืองแทนการขอให้ยอมรับแอพเพล็ต
- - แท็กที่ต้องการ
- แก้ไขข้อบกพร่อง: โปรแกรมอ่าน CIF ไม่สามารถจัดการ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ได้อย่างถูกต้อง
- - ตั้งค่าอะตอมผิดสำหรับการโหลด = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ปัญหาความเข้ากันได้กับปัญหา ChemDoodle # 558 ข้อผิดพลาด JSmol ในคำจำกัดความของ Number.toString ()
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ล้อเมาส์ทำงานไม่ถูกต้อง
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ข้อผิดพลาดของคอมไพเลอร์ JavaScript J2S ไม่บังคับใช้ int + = float to integer
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ตัวเลือก JavaScript WEBGL เสีย
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: JavaScript NMRCalculation ไม่เข้าถึงทรัพยากร
- แก้ไขข้อบกพร่อง: สเตอริโอ JavaScript ไม่ได้ใช้งาน
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: โปรแกรมอ่าน MOL fix สำหรับไฟล์แบบหลายรูปแบบ (เพียง 13.3.9_dev)
- แก้ไขข้อผิดพลาด: ข้อผิดพลาดของผู้อ่าน MOL ที่มีโหลด APPEND - ไม่ดำเนินการเลขอะตอม
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่านสัญญาณ CIF ไม่อ่านชุดค่าผสมของเวกเตอร์คลื่นเซลล์
- แก้ไขข้อบกพร่อง: การอ่าน CIF ด้วยตัวกรอง & quot BIOMOLECULE 1 & quot; ล้มเหลวหากดำเนินการระบุตัวตน เท่านั้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ผู้อ่าน mmCIF ไม่อ่านตัวเลือก _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ทั้งหมด
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: PDB CRYST รายการ 1.0 1.0 1.0 90 90 90 ควรหมายถึง & quot; ไม่มีเซลล์หน่วย & quot; ไม่คำนึงถึงตัวกรองชีวโมเลกุล
- แก้ไขข้อบกพร่อง: พื้นผิว isosurface ไม่เหมาะสำหรับโมเลกุลแบนเช่น HEM
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: การพิมพ์ userfunc () อาจล้มเหลว (userfunc () ด้วยตัวเองจะดี)
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ภายใน (เกลียว) ไม่ได้ใช้สำหรับโพลิเมอร์ C-alpha เท่านั้น
- แก้ไขข้อบกพร่อง: _modelTitle ไม่ได้รับการอัปเดตเมื่อโหลดไฟล์หรือ zapped ใหม่
- แก้ไขข้อบกพร่อง: {*} symop.all ไม่ให้ตัวดำเนินการสมมาตรอย่างเหมาะสม
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: สำหรับพันธบัตรสามรายการใน SMILES ใน URL
- แก้ไขข้อบกพร่อง: build.xml ไม่มีคลาสที่สร้าง PDF
- แก้ไขข้อบกพร่อง: อัปเดต Java ต่อไปให้เพิ่มการตรวจสอบเส้นทางที่ถูกต้องสำหรับแอพเพล็ตที่ลงนามภายใน
- แก้ไขข้อบกพร่อง: {xxx} .property_xx ไม่ได้รับการบันทึกไว้ในสถานะ (เสีย 8/7/2013 rev 18518)
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: มีการปรับปรุง Manifests สำหรับไฟล์ JAR ที่ลงชื่อและไม่ได้ลงชื่อ
- แก้ไขข้อบกพร่อง: เขียนล้มเหลว
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: แอพเพล็ต scriptWait () method broken
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: เซสชัน PyMOL อาจแสดงเซลล์หน่วยหลังจากอ่านจากสถานะที่บันทึกไว้
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: เครื่องอ่าน MMCIF ล้มเหลวสำหรับประเภทแอสเซมบลีหลายประเภท
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: ตัวอ่าน CIF & quot; biomolecule 1 & quot; แปลเป็น "โมเลกุล" & quot; ไม่ใช่ & quot; assembly & quot;
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: วิถีโหลดที่มีไฟล์หลายไฟล์ไม่ทำงาน
- การแก้ไขข้อบกพร่อง: เมนูป๊อปอัป JS applet ไม่ปิดอย่างถูกต้องเมื่อเปลี่ยนภาษา
- แก้ไขข้อบกพร่อง: ไม่ได้กำหนดแอตทริบิวต์ HTML checkbox id
- รหัส: การรีโค้ดโค้ดแอพเพล็ต / appletjs code; org.jmol.util.GenericApplet
- รหัส: การจัดโครงสร้างใหม่การอ่านง่ายของเครื่องอ่านแบบบัฟเฟอร์และสตรีมอินพุตบัฟเฟอร์
- รหัส: JavaScript refactoring ดีกว่าสร้าง _... XML
- รหัส: JavaScript จำนวนเต็มยาวสั้นไบต์, ลอย, ซ้ำอีกครั้ง
- รหัส: การกำกวมของ GT ._
- รหัส: กำหนดคอนเท็กซ์ชั้นเรียนภายในทั้งหมดโดยไม่จำเป็นให้อยู่ในระดับบนสุด
- รหัส: util แยก / ModulationSet ใช้ api / JmolModulationSet
- รหัส - การแปลภาษาแอ็พเล็ตทั้งหมดอ่านได้จากไฟล์ .po ที่ธรรมดา:
- สำหรับ JavaScript แล้ว
- ไม่จำเป็นต้องคอมไพล์ไฟล์คลาสสำหรับภาษาแอพเพล็ต
- ไม่มีภาษาไฟล์. jar
- ไดเรกทอรี jsmol / idioma ใหม่จะเก็บไฟล์ .po สำหรับทั้ง Java และ HTML5
- รหัส: การแสดงผล isosurface เร็วขึ้นโดยเพิ่ม & quot; frontonly & quot; โดยเลือก {xxx} เท่านั้น
- รหัส: การแสดงผลด้วยไอโซสเฟียร์เร็วขึ้นโดยใช้ & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; ในกรณีที่เกี่ยวข้อง (จำนวนเต็ม)
- รหัส: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - รวบรวมข้อมูลอ้างอิงทั้งหมดไปยัง URL.getContent () และ Class.getResource ()
- รหัส: JavaScript ทำงานรอบสำหรับปัญหาชั้นภายในที่มีการกำหนดชื่อใหม่ของตัวแปร
- รหัส: work-around สำหรับ eval (functionName) ไม่ทำงานใน JavaScript
- รหัส: ทดลองกับการบดเคี้ยวโดยรอบ
- รหัส: จำเป็นต้องมีการแสดงรายการสำหรับ Java Ju51 (มกราคม, 2014)
- รหัส: JmolOutputChannel ย้ายไปที่ javajs.util.OutputChannel
- รหัส: jsmol.php ได้รับการแก้ไขเพื่อให้ & quot; วิธี saveFile
- รหัส: refactoring Parser ลงใน javajs.util
- รหัส: DSSP ย้ายไปที่ org.jmol.dssx ทำให้ลดภาระทางชีวภาพของ JSmol ลง 20K
- รหัส: แพคเกจ iText ถูกทิ้งไว้ไม่ได้อีกต่อไปเนื่องจากฉันเขียนผู้สร้าง PDF ของฉันเอง
มีอะไรใหม่ ในรุ่น:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.20.3: แก้ไขข้อบกพร่องของ Jmol SMILES: ค้นหาโค้ด - เพิ่ม & quot; ^ & quot; สำหรับโค้ดแทรก: [G # 129 ^ A. *]
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.6.5:
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.04.22:
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.04.14:
มีอะไรใหม่ ในรุ่น 14.4.4 Build 2016.03.31:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.3 Build 2016.03.02:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.3 Build 2016.02.28:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.2 Build 2016.02.05:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.4.0 Build 2015.12.02:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.15:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.13:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.2.12:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.8 Beta:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.7:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.5:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.5 Beta:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.4:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.2:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.1.2 Beta:
มีอะไรใหม่ ในเวอร์ชัน 14.0.1:
สภาพแวดล้อมรันไทม์ Oracle Java Standard Edition
ความคิดเห็นที่ไม่พบ