reciprocal_smallest_distance เป็นขั้นตอนวิธี orthology คู่ที่ใช้การจัดเรียงลำดับสูงสุดทั่วโลกและความน่าจะเป็นระยะทางวิวัฒนาการระหว่างลำดับที่ถูกต้องตรวจพบ orthologs ระหว่างจีโนม
การติดตั้งจาก tarball
ดาวน์โหลดและ Untar รุ่นล่าสุดจาก GitHub:
cd ~
-L ขด https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz | XVZ น้ำมันดิน
ติดตั้ง reciprocal_smallest_distance ทำให้แน่ใจว่าจะใช้ Python 2.7:
cd reciprocal_smallest_distance-VERSION
หลาม setup.py ติดตั้ง
การใช้ RSD การหา Othologs
คำสั่งตัวอย่างต่อไปนี้แสดงให้เห็นถึงวิธีหลักในการทำงาน rsd_search อุทธรณ์ของ rsd_search ทุกคนต้องระบุสถานที่ตั้งของแฟ้มลำดับ FASTA รูปแบบสองจีโนมที่เรียกว่าแบบสอบถามและจีโนมของเรื่อง การสั่งซื้อสินค้าของพวกเขาคือพล แต่ถ้าคุณใช้ตัวเลือก --ids, รหัสจะต้องมาจากจีโนมแบบสอบถาม นอกจากนี้คุณยังจะต้องระบุไฟล์ที่จะเขียนผลการ orthologs พบโดยวิธี RSD รูปแบบของไฟล์ที่ส่งออกมีหนึ่ง ortholog ต่อบรรทัด แต่ละบรรทัดมี id ลำดับแบบสอบถาม id ลำดับเรื่องและระยะทาง (คำนวณโดย codeml) ระหว่างลำดับ คุณสามารถเลือกระบุแฟ้มที่มีรหัสโดยใช้ตัวเลือก --ids จากนั้น RSD จะค้นหา orthologs สำหรับรหัสเหล่านั้น ใช้ --divergence และ --evalue คุณมีตัวเลือกของการใช้เกณฑ์ที่แตกต่างจากค่าเริ่มต้น
รับความช่วยเหลือเกี่ยวกับวิธีการทำงาน rsd_search, rsd_blast หรือ rsd_format:
rsd_search -h
rsd_blast -h
rsd_format -h
ค้นหา orthologs ระหว่างลำดับทั้งหมดในแบบสอบถามและจีโนมของเรื่องโดยใช้ความแตกต่างเริ่มต้นและเกณฑ์ Evalue
rsd_search -q ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
ค้นหา orthologs โดยใช้ความแตกต่างที่ไม่ได้เริ่มต้นหลายและเกณฑ์ Evalue
rsd_search -q ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.several.orthologs.txt
--de 0.2 1e-20 --de 0.5 0.00001 --de 0.8 0.1
มันไม่จำเป็นที่จะต้องจัดรูปแบบไฟล์ FASTA สำหรับระเบิดหรือระเบิดคำนวณฮิตเพราะ rsd_search จะให้คุณ
แต่ถ้าคุณวางแผนที่จะทำงานหลายครั้ง rsd_search สำหรับจีโนมที่เหมือนกันโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับจีโนมขนาดใหญ่ที่คุณสามารถประหยัดเวลาโดยใช้ rsd_format เพื่อ preformatting ไฟล์ FASTA และ rsd_blast เพื่อ precomputing ระเบิดฮิต เมื่อทำงาน rsd_blast ให้ตรวจสอบการใช้ --evalue เป็นใหญ่เป็นเกณฑ์ Evalue ที่ใหญ่ที่สุดที่คุณตั้งใจจะมอบให้กับ rsd_search
นี่คือวิธีการจัดรูปแบบคู่ของไฟล์ FASTA ในสถานที่:
rsd_format -g ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
rsd_format -g ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
และนี่คือวิธีการที่จะจัดรูปแบบไฟล์ FASTA วางผลลัพธ์ในไดเรกทอรีอื่น (ไดเรกทอรีปัจจุบันในกรณีนี้)
rsd_format -g ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa -d
rsd_format -g ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa -d
นี่คือวิธีการคำนวณข้างหน้าและย้อนกลับฮิตระเบิด (ใช้ Evalue เริ่มต้น):
rsd_blast -v -q ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
ฮิต---forward q_s.hits --reverse ฮิต s_q.hits
นี่คือวิธีการคำนวณข้างหน้าและย้อนกลับระเบิดฮิตสำหรับ rsd_search ใช้จีโนมที่ได้รับการจัดรูปแบบสำหรับการระเบิดและ Evalue ไม่ใช่ค่าเริ่มต้น
rsd_blast -v -q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = Mycobacterium_leprae.aa
ฮิต---forward q_s.hits --reverse ฮิต s_q.hits
no-รูปแบบ --evalue 0.1
ค้นหา orthologs ระหว่างลำดับทั้งหมดในแบบสอบถามและจีโนมของเรื่องโดยใช้จีโนมที่ได้รับการจัดรูปแบบสำหรับการระเบิด
rsd_search -q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
no-รูปแบบ
ค้นหา orthologs ระหว่างลำดับทั้งหมดในแบบสอบถามและจีโนมของเรื่องการใช้ความนิยมที่ได้รับการคำนวณแล้ว ขอให้สังเกตว่า no-รูปแบบรวมอยู่เพราะตั้งแต่เพลงฮิตระเบิดได้รับการคำนวณจีโนมไม่จำเป็นต้องได้รับการจัดรูปแบบสำหรับการระเบิด
rsd_search -v --query จีโนม Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.default.orthologs.txt
ฮิต---forward q_s.hits --reverse ฮิต s_q.hits --no-รูปแบบ
ค้นหา orthologs สำหรับลำดับจีโนมที่ระบุในแบบสอบถาม สำหรับการค้นหา orthologs เพียงไม่กี่ลำดับโดยใช้ no-ระเบิดแคชสามารถเพิ่มความเร็วในการคำนวณ YMMV
rsd_search -q ตัวอย่าง / จีโนม / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject จีโนม = ตัวอย่าง / จีโนม / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o ตัวอย่าง / Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
--ids ตัวอย่าง / Mycoplasma_genitalium.aa.ids.txt --no-ระเบิดแคช
รูปแบบเอาท์พุท
Orthologs สามารถบันทึกในรูปแบบที่แตกต่างกันโดยใช้ตัวเลือกของ --outfmt rsd_search รูปแบบเริ่มต้น, --outfmt -1 หมายถึง --outfmt 3. แรงบันดาลใจจาก Uniprot ไฟล์นั้นชุดของ orthologs เริ่มต้นด้วยสายพารามิเตอร์แล้วมี 0 หรือหลายเส้น ortholog แล้วมีเส้นปลาย ศึกษาปัจจัยที่มีชื่อจีโนมแบบสอบถามชื่อจีโนมเรื่องเกณฑ์ความแตกต่างและเกณฑ์ Evalue ortholog แต่ละบนบรรทัดเดียวรายชื่อ id ลำดับสอบถาม id ลำดับเรื่องและประมาณการความเป็นไปได้ระยะทางสูงสุด รูปแบบนี้สามารถเป็นตัวแทนของ orthologs สำหรับหลายชุดของพารามิเตอร์ในไฟล์เดียวเช่นเดียวกับชุดของพารามิเตอร์กับ orthologs ไม่มี จึงเหมาะสำหรับใช้กับ rsd_search เมื่อระบุความแตกต่างหลายและเกณฑ์ Evalue
นี่คือตัวอย่างที่มี 2 ชุดที่พารามิเตอร์หนึ่งซึ่งมี orthologs ไม่มี:
PA tLACJO tYEAS7 t0.2 t1e-15
หรือ tQ74IU0 tA6ZM40 t1.7016
หรือ tQ74K17 tA6ZKK5 t0.8215
//
PA tMYCGE tMYCHP t0.2 t1e-15
//
รูปแบบเดิมของ RSD, --outfmt 1, มีไว้เพื่อความเข้ากันได้ย้อนหลัง แต่ละบรรทัดมี ortholog, แสดงเป็น id เรื่องลำดับ id ลำดับแบบสอบถามและประมาณการความเป็นไปได้ระยะทางสูงสุด มันสามารถเป็นตัวแทนของชุดเดียวของ orthologs ในแฟ้ม
ตัวอย่าง:
A6ZM40 tQ74IU0 t1.7016
A6ZKK5 tQ74K17 t0.8215
นอกจากนี้ยังมีความเข้ากันได้ย้อนหลังเป็นรูปแบบที่ใช้ภายในโดย Roundup (http://roundup.hms.harvard.edu/) ซึ่งเป็นเหมือนรูปแบบเดิม RSD ยกเว้นคอลัมน์ id ลำดับแบบสอบถามก่อน id ลำดับเรื่อง
ตัวอย่าง:
Q74IU0 tA6ZM40 t1.7016
Q74K17 tA6ZKK5 t0.8215
ต้องการ
- หลาม
- NCBI ระเบิด 2.2.24
- PAML 4.4
- Kalign 2.04
ความคิดเห็นที่ไม่พบ