MetagenomeDB เป็นห้องสมุดหลามได้รับการออกแบบเพื่อให้ง่ายต่อการจัดเก็บเรียกใช้และอธิบายลำดับ Metagenomic & nbsp;. การกระทำ MetagenomeDB เป็นนามธรรมชั้นด้านบนของฐานข้อมูล MongoDB มันมี API ในการสร้างและปรับเปลี่ยนและเชื่อมต่อสองประเภทของวัตถุคือลำดับและคอลเลกชัน:
& nbsp; * ลำดับ (ลำดับชั้น) สามารถอ่าน contigs โคลนนิ่ง PCR ฯลฯ
& nbsp; * คอลเลกชัน (ชั้นเก็บ) แสดงให้เห็นถึงชุดของลำดับ; เช่นการอ่านที่เกิดจากการเรียงลำดับของกลุ่มตัวอย่างที่ contigs ประกอบจากชุดของการอ่านห้องสมุด PCR
วัตถุใด ๆ ที่สามารถใช้ข้อเขียนไวยากรณ์พจนานุกรมที่ชอบ:
# ครั้งแรกที่เรานำเข้าห้องสมุด
นำเข้า MetagenomeDB เป็น MDB
# แล้วเราสร้างวัตถุใหม่ที่มีลำดับสอง
# (บังคับ) คุณสมบัติ 'ชื่อ' และ 'ลำดับ'
s = mdb.Sequence ({"ชื่อ": "ลำดับของฉัน", "ลำดับ": "atgc"})
# วัตถุขณะนี้คุณสามารถข้อเขียน
พิมพ์ s ["ความยาว"]
s ["พิมพ์"] = "อ่าน"
# การปรับเปลี่ยนครั้งวัตถุที่จะต้องมีความมุ่งมั่น
# ไปยังฐานข้อมูลสำหรับการปรับเปลี่ยนจะยังคงอยู่
s.commit ()
วัตถุประเภทลำดับหรือการเก็บสามารถเชื่อมต่อกับแต่ละอื่น ๆ เพื่อที่จะเป็นตัวแทนของชุดข้อมูล Metagenomic ต่างๆ ตัวอย่างรวมถึง แต่ไม่ จำกัด เฉพาะ:
& nbsp; * คอลเลกชันอ่านที่เกิดจากการทำงานลำดับ (ความสัมพันธ์ระหว่างหลายลำดับวัตถุและเป็นหนึ่งในคอลเลกชัน)
& nbsp; * ชุดของ contigs ที่เกิดจากการชุมนุมของชุดของคนอ่าน (ความสัมพันธ์ระหว่างสองวัตถุเก็บ)
& nbsp; * อ่านที่เป็นส่วนหนึ่งของ contig (ความสัมพันธ์ระหว่างหลายลำดับวัตถุและเป็นหนึ่งในลำดับ)
& nbsp; * ลำดับที่คล้ายกับลำดับอื่น ๆ (ความสัมพันธ์ระหว่างสองวัตถุลำดับ)
& nbsp; * คอลเลกชันที่เป็นส่วนหนึ่งของคอลเลกชันขนาดใหญ่ (ความสัมพันธ์ระหว่างสองวัตถุเก็บ)
ผลที่ได้คือเครือข่ายของลำดับและคอลเลกชันที่สามารถได้รับการสำรวจโดยใช้วิธีการเฉพาะ; IEG, Collection.list_sequences () Sequence.list_collections () Sequence.list_related_sequences () แต่ละคนวิธีการเหล่านั้นอนุญาตให้มีการกรองที่มีความซับซ้อนโดยใช้ MongoDB สอบถามไวยากรณ์:
รายการ # คอลเลกชันทุกชนิด 'collection_of_reads'
# ลำดับ 's' เป็น
คอลเลกชัน = s.list_collections ({"ประเภท": "collection_of_reads"})
รายการ # ลำดับทั้งหมดที่ยังอยู่ในคอลเลกชันเหล่านี้
# มีความยาวอย่างน้อย 50 bp
สำหรับคในคอลเลกชัน:
& nbsp; c.list_sequences พิมพ์ ({"ระยะเวลา": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB นอกจากนี้ยังมีชุดของเครื่องมือบรรทัดคำสั่งที่จะนำเข้าลำดับเบสลำดับโปรตีนระเบิดและการจัดตำแหน่ง FASTA ส่งออกขั้นตอนวิธีการและไฟล์ประกอบ ACE . เครื่องมืออื่น ๆ ที่มีไว้เพื่อเพิ่มหรือลบวัตถุหลายหรืออธิบายให้พวกเขา
ต้องการ
- งูใหญ่
ความคิดเห็นที่ไม่พบ