สมเสร็จเป็นเครื่องมือที่มีงูหลามที่มีโปรแกรมเพื่อประเมินและพล็อต informativeness phylogenetic สำหรับชุดข้อมูลขนาดใหญ่
อ้างสมเสร็จ
เมื่อใช้สมเสร็จกรุณาอ้างอิง:
- Faircloth BC ช้าง J, อัลฟาโร ME: สมเสร็จช่วยให้การวิเคราะห์การส่งผ่านสูงของสายวิวัฒนาการ informativeness
- ทาวน์เซนด์ JP: Profiling informativeness สายวิวัฒนาการ ระบบ Biol 2007, 56: 222-231
- บ่อ SLK, ฟรอสต์ SDW, Muse SV: HyPhy: การทดสอบสมมติฐานโดยใช้ phylogenies ชีวสารสนเทศศาสตร์ปี 2005 21: 676-679
การติดตั้ง
สำหรับขณะนี้วิธีที่ง่ายที่สุดในการติดตั้งโปรแกรมที่เป็น:
โคลนคอมไพล์คอมไพล์: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / เส้นทาง / เพื่อ / สมเสร็จ
เมื่อต้องการเรียกใช้การทดสอบ:
cd / path / to / สมเสร็จ /
ทดสอบหลาม / test_townsend_code.py
ใช้
รหัส estimate_p_i.py เรียกไฟล์ชุดสำหรับ Hyphy ที่อยู่ในแม่แบบ / ไฟล์นี้จะต้องอยู่ในตำแหน่งเดียวกันเมื่อเทียบกับที่ใดก็ตามที่คุณใส่ estimate_p_i.py หากคุณติดตั้งเรทข้างต้นคุณจะปรับสักครู่
ที่ทำงาน:
cd / path / to / สมเสร็จ /
หลาม tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& nbsp; - ออก Output_Directory
& nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& nbsp; - ครั้ง = 37,93,100,170
& nbsp; - หลายตัว
--multiprocessing เป็นตัวเลือกโดยไม่ได้, สถานที่แต่ละคนจะต้องทำงานอย่างต่อเนื่อง
หากคุณมีอยู่แล้วทำงานดังกล่าวข้างต้นและบันทึกผลไปยังโฟลเดอร์ของคุณออก (ดูด้านล่าง) คุณสามารถใช้บันทึกเว็บไซต์อัตราที่มีอยู่ก่อนมากกว่าประมาณการเหล่านั้นอีกครั้งด้วย:
หลาม tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& nbsp; - ออก Output_Directory
& nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& nbsp; - ครั้ง = 37,93,100,170
& nbsp; - multiprocessing
& nbsp; - ราคาสถานที่
ผล
สมเสร็จเขียนผลกับฐานข้อมูล SQLite ในไดเรกทอรีเอาท์พุทที่คุณเลือก ไดเรกทอรีนี้ยังถืออัตราไฟล์เว็บไซต์ในรูปแบบ JSON สำหรับแต่ละสถานที่ผ่าน tapir_compute.py
คุณสามารถเข้าถึงผลในฐานข้อมูลดังต่อไปนี้ สำหรับตัวอย่างเพิ่มเติมรวมทั้งพล็อตให้ดูเอกสาร
- ข้อเหวี่ยงขึ้น SQLite:
& nbsp; sqlite3 Output_Directory / สายวิวัฒนาการ-informativeness.sqlite
- รับข้อมูลหนึ่งสำหรับ epochs ทั้งหมด:
& nbsp; สถานที่เลือกช่วงเวลาปี่จากตำแหน่งช่วงที่ loci.id = interval.id
- ได้รับข้อมูลที่สำคัญสำหรับยุคที่เฉพาะเจาะจง:
& nbsp; สถานที่เลือกช่วงเวลาปี่จากตำแหน่งช่วง
& nbsp; ที่ช่วงเวลา = 95 -105 และ loci.id = interval.id;
- ได้รับการนับมีตำแหน่งสูงสุด (PI) ที่ epochs ที่แตกต่างกัน
& nbsp; สร้างสูงสุดตารางชั่วคราวเป็นรหัสเลือก max (ปี่) รวมสูงสุดจากกลุ่มช่วงเวลาที่คุณ id;
& nbsp; สร้างตารางชั่วคราวทีเป็นเลือก interval.id ช่วงสูงสุดจากช่วงสูงสุด
& nbsp; ที่ interval.pi = max.max;
& nbsp; เลือกช่วงเวลานับ (*) จากกลุ่มเสื้อโดยช่วงเวลา;
กิตติกรรมประกาศ
เราขอขอบคุณ Francesc โลเปซและเจฟฟรีย์ Giraldez ทาวน์เซนด์สำหรับให้เรามีสำเนาของแหล่งที่มาของเว็บแอพลิเคชันรหัสของพวกเขา . BCF ขอบคุณ Hubbell S และ P Gowaty
ต้องการ
- งูใหญ่
- SciPy
- NumPy
- DendroPy
- hyphy2 (โปรดดาวน์โหลดหรือสร้าง hyphy2 เธรดเดียว)
ความคิดเห็นที่ไม่พบ